至正二十六年（1366年）三月十四日，吴王政权麾下江淮行省平章韩政（东平侯），率领顾时、叶珍等大将对濠州发动了全面进攻。濠州即今天的安徽凤阳，是吴王朱元璋的故乡。
此时的濠州守将李济名义上是东吴王张士诚的部下（朱元璋当时被称为西吴王）。在云梯炮石的四面夹攻之下，李济最终于四月初九日率部出降。朱元璋在得到濠州光复的消息后激动不已，立刻于当月十三日从建康（今江苏南京）出发，前往濠州祭扫自己父母的墓地。这一块破败至极的墓地，就是今天凤阳明皇陵的前身。
元顺帝至正四年（1344年）四月，一场前所未有的瘟疫席卷了濠州。就在短短十几天的时间里，朱元璋的父亲朱五四、大哥朱重四、母亲陈氏就相继去世。
当时的老朱家穷得叮当响，老二重六、老三重七、老四重八（朱元璋），大嫂王氏以及侄子驴儿（朱文正）几个人面面相觑，不知道该如何操办三人的丧事。找了自家的地主刘德想求一块地，直接被人给骂了出来：“田主德不我顾，呼叱昂昂，既不与地，邻里惆怅。”最后还是朱元璋的发小刘英伸出援手，通过母亲娄氏，劝说父亲刘继祖给了老朱家一块地。虽说下葬的时候“殡无棺椁，被体恶裳”，好歹不用暴尸荒野。为了感谢这份恩情，日后朱元璋追封刘继祖为义惠侯，其妻娄氏为义惠侯夫人。
明皇陵的风水
朱元璋这一次来濠州，本来是想给父母以及大哥迁葬。但是有人提出“改葬恐泄山川灵气”，这让朱元璋不由得犹豫起来。和绝大多数墓向为坐北朝南不同，朱元璋家的墓向是坐南朝北偏东，这是什么原因呢？
明皇陵风水图
从地形图来看，朱元璋家墓地周围的地形是南侧略高，北边稍低，东面有南北走向的小河，西北面有大水塘，西面还有一条南北走向的道路。换句话说，在当年的条件下，朱家三兄弟在埋葬亲人之时，只能按照当地的葬俗，将头朝向南面高处，将脚朝向北面地处。
坐南朝北，四周无山无坡，看似风水极差。然而正因为有了东面的那条小河，西面的那条道路，反而破解了原来的困局。当然也有人从风水学上说，这样的格局是不利于长子，且家中只能发达一人。而老朱家也确实是长子去世，只发达了幼子朱元璋一人。
从一个一无所有的要饭和尚，成为眼看着能够统一天下，至少也能一统江南的超级枭雄，要说朱元璋要是不信些什么，那谁也不相信。所以朱元璋做了一个决定，不再启葬，只是“增土以培其封”。同时让当年对他有恩的汪文和刘英看守父母的陵墓。汪文的老母当年曾经资助朱元璋进入皇觉寺，所以都是他生命中的贵人。
从英陵到皇陵
随着张士诚的覆灭，朱元璋进一步加快了称帝的步伐，濠州陵墓的改建工程自然也在紧锣密鼓的进行之中。至正二十七年（1367年）十月，朱元璋让世子朱标和次子朱樉一起回濠州（此时已改称临濠）谒陵。这一次的祭文，也是朱元璋自己亲笔所写：“每思鞠育，深恩难报。兄姊同气，亲义在怀。又念长子年甫十三，次子年甫十二。生长江南，未至乡里。兹特命其拜扫先陵。敬陈荐奠，以表孝思。追想音容，昊天罔极。”
至正二十八年（1368年）正月初四日，吴王朱元璋在金陵（今江苏南京）即位称帝，国号大明，年号洪武，当天即追尊其父朱五四为淳皇帝，庙号仁祖。母亲陈氏为淳皇后，大哥朱重四为南昌王。而这座坐南朝北的朱家陵园，则被命名为英陵。
朱重八
洪武二年（1369年）五月，朱元璋下旨改英陵为皇陵，并设立皇陵卫对其进行守护。当年九月，朱元璋诏以临濠为大明朝的中都城，同时继续对皇陵进行扩建。
洪武七年（1374年）六月，朱元璋下诏设立皇陵祠祭署，命汪文为署令，刘英为署丞，其后世子孙可以世袭此官，给了汪家和刘家一份与明朝相始终的铁饭碗。洪武八年（1375年）停建中都城，多出来的物料一股脑儿都被用在了皇陵上面。
洪武十一年（1378年）四月，一块高6.87米的御制皇陵碑树立在了神道南端的西侧，碑首四周浮雕六条大螭，刻工极为精湛。中下部则是朱元璋亲自撰写的碑文，去掉了原先儒臣所写的粉饰之文，用通俗易懂的文字记述了朱元璋的家庭经历以及他统一天下的简略过程。
洪武十二年（1379年）闰五月，皇陵祭殿落成，朱元璋将其命名为皇堂，也意味着整个皇陵的地面建筑全部竣工。自北向南的中轴线上依次建有土城（外城）北门正红门、红桥、棂星门、砖城（二道城）明楼、神道石像生、御桥、左右碑亭、皇城（内城）金门、享殿（皇堂、祭殿）、左右庑、皇城后红门、坟冢、砖城南明楼、土城南门。整个陵园规模宏大，和当年的小土包早已不可同日而语。
不过据说由于皇陵围墙的建造，隔断了内外气息的沟通，会不利于人和，故而次年洪武十三年（1380年）正月就爆发了胡惟庸案。此说真假如何，大家不妨见仁见智。
凤阳皇陵
到了洪武二十六年（1393年）六月，朱元璋颁布了一条严厉的禁令，任何途经皇陵的官员百姓，都要在百步之外下马，不然就以大不敬的罪名诛杀。永乐七年（1409年）的时候，山东道监察御史何晟以身试法，被成祖朱棣直接下旨当街斩首：“庚戌，刑部尚书刘观等言：‘山东道监察御史何晟过凤阳陪祀皇陵，直行寝殿御道入殿狎玩，论大不敬处死。’命戮于市。”
历朝的修缮工程
永乐六年（1408年）十月，为了在巡狩北京的途中拜谒皇陵，朱棣又下诏对其进行修缮，并于永乐七年（1409年）二月十五日亲自对其进行了谒祭：“戊子，驻跸凤阳，谒祭皇陵。祭毕，上亲负土益陵。于是尚书夏原吉等皆负土以从。”
此后的永乐十一年（1413年）二月、永乐十四年（1416年）十月和永乐十五年（1417年）四月，朱棣不但三次亲祀皇陵。又让驸马都尉、西宁侯宋琥，以及定国公徐景昌两次对皇陵殿宇进行督修。
永乐十八年（1420年）的时候，皇太子朱高炽奉旨从南京北上前往北京。途经凤阳之时，也来到皇陵进行谒祭。据史书记载，朱高炽对着他的曾祖父，也就是仁祖朱五四留下来的农具大发了一番感慨：“丙寅，是日，皇太子过凤阳谒祭皇陵毕，周步陵旁。望仁祖淳皇帝所遗石农器，顾侍郎张学士、杨士奇曰：‘国家帝业所自也。’徘徊久而后退。”
洪熙元年（1425年）的时候，已经即位的朱高炽打算还都南京，命皇太子朱瞻基先往凤阳祭祀皇陵，然后留守南京。而在朱瞻基即位后，于宣德四年（1429年）对皇陵殿宇、垣墙进行了大规模的整修。
在明英宗正统十一年（1446年）的时候，居然有老虎闯入皇陵土城之内，皇陵神宫监太监雷春会同中都留守司一起调兵进行抓捕。这只老虎应该就是现在已经在野外灭绝的华南虎吧？
到了成化二十三年（1487年）的时候，皇陵落成已超百年，明宪宗朱见深下诏对其进行一次大修，由南京工部筹措银两，从中都留守司及直隶凤阳府起取夫匠，并命太监郑强、平江伯陈锐、兵部侍郎白昂到凤阳进行先朝督工。
当年朱棣将自己陵寝所在地命名为天寿山，到了嘉靖十年（1531年）的时候，明世宗朱厚熜在封自己生父朱祐杬葬地显陵之山命名为纯德山之后，顺便又把太祖孝陵、凤阳皇陵、泗州祖陵之山进行了命名。其中孝陵名曰神烈山、皇陵名曰翔圣山、祖陵名曰基运山。
皇陵被毁
时间很快来到崇祯年间，此时的大明王朝内有流寇，外有清兵，可谓正处于风雨飘摇的危难之际。崇祯八年（1635年）的时候，十三家义军在河南荥阳召开大会，定下了“分兵定向”的战略，于是闯王高迎祥率领李自成和张献忠向东出击。
其中张献忠所部连续攻陷了固始县（位于河南东南端）、霍邱县（位于安徽西部），兵锋直指凤阳。正月十五日，张献忠派人假作“树旗进香”，趁着凤阳守军不备，突然用骑兵发起冲锋。
张献忠
中都留守朱国相虽率军巷战，在力斩数十人之后不幸殉国，其余如知府颜容暄、推官范文英等六人，武官四十一人也相继殉难。义军遂放火焚烧皇陵楼殿，又杀司香太监六十余人。而从凤阳高墙内被释放的上百名宗室罪人，则跪在皇陵神道边对张献忠口称“千岁”。
虽然南京方面派出的援军击退了张献忠所部，但是皇陵被毁，所有人都难逃罪责，各地官员都打算“秘不以闻”。不过纸包不住火，崇祯帝朱由检还是在二月十二日收到了这个噩耗。皇帝如同受到五雷轰顶一般，一面换上丧服跑去太庙痛哭，向列祖列宗谢罪。一面大肆株连，将总督漕运、巡抚凤阳、左副都御史杨一鹏、巡按御史吴振缨等人接连处死：“先是，南京兵部尚书吕维祺惧贼南犯，请加防凤阳陵寝，不报。及迎祥、献忠东下，江北兵单，固始、霍丘俱失守。贼燔寿州，陷颍州，知州尹梦鳌、州判赵士宽战死，杀故尚书张鹤鸣。乘胜陷凤阳，焚皇陵，留守署正朱国相等皆战死。事闻，帝素服哭，遣官告庙。逮漕运都御史杨一鹏弃市，以朱大典代之，大征兵讨贼。”
堂堂的大明王朝竟然连祖坟都守不住，说明确实气数已尽，无力回天。清军入关之后，虽然对北京十三陵和南京孝陵做了保护，但皇陵既然早已烧毁，自然也无需多费精力。到了乾隆年间，整个明皇陵的地面建筑损坏殆尽。抗战之时，日军又大肆砍伐陵园松柏，将其变成了荒芜不堪的土堆。
直到上世纪八十年代，才对皇陵内的石刻进行了全面修复。本世纪初复原了碑亭，此后又对整个皇陵进行了保护性修复工作，也算是让其浴火重生。
