在康熙收复台湾后，康熙也迎来了一段时期的修生养性，而在康熙执政的中后期，沙俄的远征军曾数次侵入黑龙江地区，这样的侵略对大清造成了巨大的灾害，面对突如其来的打击，清政府下令让沙俄部队撤出中国境内，但是沙俄部队对此置若罔闻，仍在边境一带大肆抢掠。看到沙俄如此宁顽不灵，康熙派军去击退沙俄军队，随即双方在边境线上进行了激烈的对抗，此战的最终结果是清军取得胜利，在取得胜利之后清军留下部队镇守边境，与此同时延线设立屯军所，增强黑龙江地区的防务实力。
但是在一番部署之后，沙俄军队又于当年秋冬时期攻占了雅克萨城，这一偷袭行径激怒了清朝。康熙帝于第二年年发动全面反攻，大量的清兵将雅克萨城团团围住。清军在城西、城北和城东各挖战壕，并派战船在江边巡弋，以隔绝敌人的外援。看到战局岌岌可危的时候，沙俄政府提出求和的要求，并派出使节前往边境交涉。康熙帝在和谈之后答应撤军，雅克萨战役之后，中俄之间签订的相关条约，将中俄之间的东部疆界，定为中国版图该协议的签署，为中俄关系的安定打下了良好的基础。
除此之外清代前期蒙古，被划分为三个主要的部落，康熙时期噶尔丹统治下的，准噶尔部落实力大增。沙俄煽动噶尔丹攻打喀尔喀，这次煽动内斗是俄国人的阴谋，蒙古噶尔丹和喀尔喀布部落因此发生了冲突，从而引发了一场战争。因为内部战事几十万百姓，难以生活开始大逃亡，康熙帝见状给他们安排了住处，下令噶尔丹停止战争，但是噶尔丹仍不断向南侵扰，康熙帝又派人防守又先后在沿途，两度击败了对方。
一六九八年二月康熙又亲自御驾亲征，噶尔丹在众叛亲离中身亡。至此噶尔丹被康熙击败，漠北成为清王朝的一部分。噶尔丹去世之后康熙立即派兵入藏，把敌人的残余势力逐出了西藏。康熙四十七年康熙已经将，太子之位传给了胤礽，但久而久之太子胤礽却是越来越骄横，在朝中拉帮结派。到了康熙四十七年康熙皇帝下旨，废除了他的储君之位，而太子一废所有的皇子都开始计划争夺皇位，九子之争就此展开。因为夺嫡之战愈演愈烈，康熙无奈只能再度废掉太子，而自从太子第二次被废后，众皇子就知道太子没有了东山再起的可能，所以以四阿哥和八阿哥为中心的两股力量，在朝中开始成为了夺嫡的主力军，在朝中两股力量相互勾搭又栽赃陷害，进行了一次次凶险的抗争。
而康熙帝在晚年的时候，也沉迷于自己的功绩和老本，因此懈怠于调解政治，随即朝政很快就陷入了泥潭，不仅仅是夺嫡的事情，连带很多计划都成为了一潭死水，吏治也变得混乱不堪，在此期间很多社会问题都被暴露了出来，而康熙此时没有对某些，贪污行为进行有效的治理，这样一来造成了官员们的贪污和贿赂。与此同时康熙又采取了“禁商”，“闭关自守”的政策，这样一来使清朝的发展受到很大的制约。
除此之外还有康熙的后期，随着时间的推移身体越来越差。比如康熙即位后的五十年间，他对汉族妇女、特别是江南妇女的偏爱，引起了某些社会上的争论，而康熙的一生是一个具有传奇色彩的人物，他的智慧勇气思想，都深深地烙印在中国的史册上，虽然晚年的康熙有些头晕脑花，但是凭借他以前的成就，康熙还是被称为“千古一帝”，同时也是中国历史上评价最好的帝王，据记载康熙终年六十九岁，驾崩于宫中，至此由康熙主导的大清盛世画上了一个完结篇。
