清朝野闻，一位太妃在慈宁宫小住，但夜晚“偶发”的一件事，让她再不敢踏入慈宁宫半步。据她所言，说慈宁宫的夜晚总会听到阵阵乐声，但寻声去找，音律戛然而止，并无所获。而后续发生的一些几近诡异的事，更让大家望而却步。
传说是真是假无从考证，不过慈宁宫自清初以后再无人敢住。至于为何，仁者见仁智者见智，不过有些说法值得探究。还有，与慈宁宫对应的坤宁宫又是怎么一回事呢？
据说从明朝开始，大明16帝大清12帝，一共28位皇帝，说自有皇帝开始时就有了坤宁宫和慈宁宫，其实不是。
比如坤宁宫，前后也就20多任皇后，因为在故宫里待着的皇帝也就24个，有人说不对应该是28个才对。
明朝第一任皇帝朱元璋在南京，建文帝朱允炆据说最后死在南京，第三任皇帝朱棣开始定都北京。也就是说大明16帝有2位不在故宫。清朝是从关外进来的，头两任皇帝努尔哈赤和皇太极，在盛京也就是今天辽宁沈阳抚顺一带，没在紫禁城，从顺治开始才待在故宫，大清12帝也有2位没在故宫。这么算下来正好24位帝王待过故宫，因此对应24位皇后在坤宁宫（明朝叫中宫）待过。
再说慈宁宫，慈宁宫一般是给太后住的，而坤宁宫是皇后寝宫。明太祖朱元璋没有在故宫住过，到明成祖朱棣时到了故宫，朱棣的母亲去世得早，他名义上的母亲马皇后（人称“大脚马皇后”，郭子兴义女）等朱棣迁都北京时也去世了。因此明朝的皇帝一开始没打算建慈宁宫，一直到明嘉靖帝朱厚熜时期才开始有的慈宁宫。
嘉靖帝的上任皇帝是明武宗朱厚照，大明律令规定，皇位继承顺序是有长立长，无长立嫡，有嫡立嫡，无嫡立长，兄终弟及。朱厚照膝下无子，他去世后不得不在宗亲里找皇位继承人。按照祖制，找到堂兄弟朱厚熜。朱厚熜上位后，就有了两位太后。朱厚照的母亲张太后和自己的母亲。
俩太后都得供着，怎么办呢，就让张太后住东边，太子的宫里面，再将西边仁寿宫让出来给自己的母亲住。后来仁寿宫失火，嘉靖帝就把里里外外重新修建，改头换面成了慈宁宫。也就是说，慈宁宫是打嘉靖帝时才有的。
为什么说慈宁宫后来闹鬼神，一直到后来大清时，都没有太后敢住慈宁宫呢？
《还珠格格》中乾隆的母亲钮钴禄氏（“老佛爷”）很霸道，经常把小燕子、紫薇他们几个整得很惨，尤其告诫他们慈宁宫是规矩森严的地方，不是想来就来想走就走随便撒野的地方。还经常说把他们抓到坤宁宫去，让皇后治他们。其实这不对。
后期的慈宁宫、坤宁宫已经不住太后和皇后了。因为彼时的慈宁宫坤宁宫住的太后皇后的经历特别曲折，倒霉的，甚至遭受厄运的，就像是被诅咒似的，情形特别多。少数几位运气不错的太后皇后，也开始喜欢跟神鬼仙魔打交道，甚至结盟。
泰山之西南麓有宋天书观，……前一殿奉元君。万历中，尊孝定皇太后为九莲菩萨，构一展于元君之后奉之。——顾炎武《亭林文集》卷五
万历皇帝的母亲李太后，都说这老人家好，简直是九莲菩萨转世。北京海淀那边有个万寿寺，这个寺唐朝时就有，后来寺庙就荒废了。到了李太后的时候，她把这个寺庙重新修建，改名万寿寺，就是供奉九连菩萨。有人说太后怎么是菩萨转世呢？
李太后原来就是个小宫女，是个下人身份，后来伺候王爷，也就是后来万历皇帝的父亲隆庆皇帝，后来两人好上了，便有了朱翊钧（万历帝）。王爷当皇帝后，他很念旧，就把万历母亲带到宫里，并封了贵妃。毕竟是下人出身，所以封不了皇后，而且隆庆有正儿八经的皇后。来到宫里，皇后瞧不起李氏，不仅皇后看不上，万历皇帝自己也看不起自己的母亲。用膳时，李太后不能和儿子万历帝和陈皇后坐在一起，而是看着两人一起吃饭，自己只能靠边站着。
她心有不甘，万历可是自己亲儿子，自己在宫里怎么会被边缘化，但出身改变不了，所以她只能从精神世界改造自己。这期间“万历首辅”张居正帮了不少忙。不题。
如何改变自己呢？平日早晨，李太后准点6点起床，这一天她一睡睡到8点，伺候的宫女太监认为太后病了。准8点的时候，李太后却一掀被子，“啊呀……”一声，动静特别大。太后这猛地一嗓子把旁边人吓够呛，心想老太太这是怎么回事。李太后紧接着坐直上半身，蓬头垢面，双目紧闭，摇头晃脑，嘴巴还念念有词。宫女太监屏气凝神，仔细听太后在叨咕什么。
“愿以此功德，庄严佛净土。上报四重恩，下济三途苦。若有见闻者，悉发菩提心。尽此一报身，同生极乐国……”
信佛的都知道，这是李太后在念佛经。但宫里人知道，平常李太后也没有吃斋念佛的习惯，但老人家如何将佛经背得这么溜呢，大为不解。其实他们是不知道，这李太后在头些天早就下足了功夫，一直在偷摸背，没有吱声罢了。
太后这冷不丁这一念出来可把太监吓得不清。不多时，李太后眼睛睁开了，不念佛经了，对那些宫女说自己饿了。宫女们赶紧把早点端过来，并对李太后说，刚才可把他们吓坏了。说李太后一翻身，嗷嗷一嗓子，紧接着就是大段佛经脱口而出，大家都奉承说太后背得好听。
李太后顺势说，前日睡觉做梦，梦见一菩萨，七宝冠帔，九首而坐一金凤，人称九莲菩萨。菩萨告诉自己，你脱胎为人，可是你德大根深，托生到福地，此生必得福报，让你当宫女进宫是对你的历练，将来浑生极乐，西方三千莲花净池，必有你一席之地。
听了太后之言，大家深信不疑，心想太后准是菩萨转世，否则当初一个身份卑微的小宫女，现在不可能贵为太后。一传十十传百，外头人就说这李太后不得了，平时啥也不会，可一张嘴就念佛经，那叫一个灵验。消息传到万历耳朵里，赶紧去找李太后一探究竟。万历把佛经也带上了，结果李太后一念，一字不差。心想这以前你也不会啊，万历不明所以，但对外界传言开始笃信起来。
太后梦中，菩萨数现，授太后经，曰《九莲经》，觉而记忆，无所遗忘，入经大藏，乃审觉象，范金祀之。寺有僧自言:梦或告曰:‘太后，菩萨后身也’。——《帝京景物略》
万历皇帝一信，这李太后就成了宫里的活菩萨，打这以后，李太后的气势瞬间碾压皇后，紧接着重修慈寿寺，设慈寿殿，建九莲阁并供奉九莲菩萨，其面容当然就是李太后自己。
某种程度上来说，李太后也算是草根逆袭的典型，出身不行，其他方面也平淡无奇，但自己在精神领域加强自我改造。现在有很多所谓的大师大神，也是通过同样的路数，来抬高身价，曝光引流。这个时候，李太后所住的慈宁宫也变得不普通起来，大家议论纷纷，说这慈宁宫都沾染了仙气，风水那不必说，肯定是绝佳的。
但从大清初年后，这慈宁宫没人敢住。什么晚上又奏乐，墙上又现宫女太监，还有水井里照见的也不是自己等等，这都是发生在慈宁宫的传说。为什么说大清初期开始无人敢住慈宁宫呢？这里不得不提慈宁宫一位了不起的人物。
此人应该是在慈宁宫住过，她就是孝庄文皇后，皇太极的妃子。
孝庄生下顺治帝，之后又亲手带大皇孙玄烨（康熙帝），她在慈宁宫一住就是四十多年。康熙是一位雄才大略的皇帝，不但治国有方，而且非常仁孝。彼时已贵为太皇太后的孝庄身体早已不如从前，身染重疾时，康熙会不辞辛劳守在祖母身边日夜照顾。据说康熙还请了许多僧侣道士包括江湖术士来慈宁宫为祖母祈福。
孝庄去世后，康熙为表孝心，就把灵柩放慈宁宫守孝，但因有悖祖制，在一众大臣的反对声中，康熙最终放弃了这一决定。但从那以后，慈宁宫就很少有人去了。之所以会出现这样的情况，据传是因为后来的那些太后自觉没有孝庄的威望，怕很难“镇”住这座寝宫。但更多的说法还是因为慈宁宫后来长时间无人居住，而传出许多鬼怪传说，因而愈发让人不敢靠近。
有人说慈禧胆子大，而且在晚清她坐到了权力的巅峰，质疑她为什么不去慈宁宫。这也是仁者见仁智者见智。
两宫太后辅政时期，慈安太后住过慈宁宫一段时间，慈禧一直在长春宫，随着慈安太后的去世，慈禧为表尊敬，始终没有搬进慈宁宫。当然，有传言说慈安就是慈禧害死的，她害怕慈安阴魂不散，所以不敢接近慈宁宫。
总的来说，自孝庄以后，渐渐地，慈宁宫主要用于举行重大典礼，如皇太后圣寿节、上徽号、进册宝、公主下嫁等仪式用地。坤宁宫则经历了从皇后寝宫到宗教祭祀场所的转变，反映了不同历史时期的功能变化。
