长公主和太子秽乱宫闱，庆帝一怒之下，将两人身旁的宫女和太监杀了个人头滚滚。
庆帝犹然不解气，昭告天下，要去大东山庆庙祭天废掉太子。
在这等情况下，长公主李云睿开始着手进行叛乱。一方面，长公主通知君山会供奉叶流云，又派人说动苦荷、四顾剑，集合三大宗师前去大东山击杀庆帝；一方面，长公主联合太子、二皇子、军方大佬秦业在京都叛乱。
随着大东山之战和京都叛乱爆发，一大批风云人物或死或废。再随着范闲和庆帝决裂，爆发最后一场皇城之战，《庆余年》也走向了尾声！
大东山之战和京都叛乱
大东山是天下第一险地，号称最像神庙的世间地。
庆帝千里迢迢带人赶来大东山，以自身为饵给长公主一个机会。这一次，庆帝带了五千禁军，带了百余虎卫，带了洪四痒、范闲、礼部尚书等大臣。
这些人中，最重要的也不过是庆帝、洪四痒、范闲。而范闲最大的作用，就是保护他的五竹，他安排五竹保护庆帝后，随之就返回京都了。
长公主一方的人物，就厉害了。大宗师叶流云面对万千弩箭单手一挥落箭，登顶大东山；大宗师四顾剑提剑上山，随意挥剑砍死庆国作战能力最强的百余虎卫登山；大宗师苦荷隐于雾气之中，施施然现身；还有九品神箭手燕小乙叛变带军围住了大东山。
这样对比下来，庆帝一方是处于劣势的。不过，这一次庆帝才是那个真正的设局人，叶流云是他一方的无间者，他又以霸道真气将九品巅峰的洪四痒包装成大宗师，自己是大宗师的身份却一直隐藏。
两方刚一动手，苦荷对上了洪四痒，四顾剑对上了叶流云。
苦荷先发出第一掌，被洪四痒的霸道真气拦下。等苦荷全力攻下第二掌时，庆帝抽走了洪四痒的霸道真气，苦荷一掌将洪四痒打成血雾。苦荷大惊失色，知道中了陷阱，连忙以天一道功法和西方法术恢复真气。庆帝却是突然现出宗师身份，对吸收真气的苦荷输送了一半霸道真气，撑爆了他的经脉，苦荷直接被废掉。
另一方的四顾剑一剑重创叶流云，但也被叶流云扣住手臂。废掉苦荷的庆帝又是一记王道之拳轰飞四顾剑，直接轰残了他的半边身子，四顾剑又被废掉。
到此，大东山之战落幕。这一战中，庆帝废掉苦荷、四顾剑，两人回去后苟延残喘一番去世；叶流云身受重伤，后与费介一起飘洋出海去了西洋大陆；九品巅峰的洪四痒身死，全数是七八品高手的虎卫被庆帝消耗掉。
与此同时，京都也爆发了大叛乱。只是燕小乙没有拦住返京的范闲，反被他以巴雷特狙杀。范闲回京之后开始镇压叛乱，与宫典、叶重配合偷袭击杀军方大佬秦业，擒拿太子、二皇子，长公主的叛乱失利。
这场大叛乱，牵连的人物众多。秦业已经身死于叛乱中，皇后在叛乱失利时选择了跳楼自尽，长公主李云睿以带毒的匕首自尽，二皇子李承泽服毒自尽，太子李承乾自尽，他们彻底退出了庆国舞台。
皇城之战后范闲隐居
在大东山之战后，最后的惊天一战是皇城之战。
因当年叶轻眉之死，陈萍萍一直调查背后真凶。在怀疑庆帝是真凶后，陈萍萍开始阴谋算计他，他推动了太子和长公主秽乱宫闱之事，将庆帝最亲的人都推向了他的对立面，要让他变成孤家寡人。
庆帝知晓一切后暴怒，派军去捉拿告老前去东夷城的陈萍萍。而陈萍萍为了让范闲彻底站到庆帝对立面，孤身返回京都与庆帝对质，承认一切，并以轮椅中暗藏的霰弹枪重创庆帝。最终，庆帝下令将陈萍萍凌迟处死。
这一件事，彻底激化了范闲和庆帝之间的矛盾，开始站到他的对立面。第一次，范闲联合狼桃、王十三郎、海棠朵朵、何道人等九品高手，刺杀庆帝，却只是给庆帝造成了一丝微不足道的小伤，反倒是隐藏在暗处的范若若以巴雷特重伤了庆帝。
大宗师之强，非凡人可以对抗。这就惹出了最终之战，但依然不是范闲正面与庆帝对决，最终的他面对庆帝也只是个小卡拉米，只能隐藏在暗处偷袭。这一战，是瞎子老五和小李子惊天动地的绝杀。
由于庆帝先前被范若若重伤，这一次先派了一万铁甲禁军拦阻五竹。老五只是手提着一根铁钎向前，刺穿无数坚硬盔甲和无数咽喉，走到了小李子面前。此时的五竹手中铁钎已经弯曲折损磨平，左腿被打废，身上破了无数破洞。
就是在这样的情况下，五竹与庆帝爆发了一场惊天大战。两人没有花哨的招式，就是简单的对轰，五竹一次次被庆帝打倒，一次次站起来。打到最后，庆帝被五竹重伤，而五竹也被庆帝打成废材，再也站不起来。
这还没结束，假扮宫女的范若若一枪又狙断了庆帝的左臂。趁着庆帝最虚弱、疼痛之时，隐藏的范闲终于出来攻击了，掌、指不断斩在他的身上，连斩数百下，将他伤到无以复加。
最终，庆帝爆发了临死一击。这一下，庆帝没有选择杀掉范闲，而是选择揭开了五竹的蒙眼布，被下面的一道彩虹化成了飞灰。
到此，强悍不可一世的庆国皇帝庆帝身死，不该属于这个世上的大宗师也灭绝。不过，正如庆帝所说，史书上必将有他的一页，而且是辉煌的一页。
在庆帝死后，三皇子李承平继承为庆国新的皇帝，成为人生大赢家。
大皇子也是个赢家，带兵驻守在东夷城。而东夷城明面上归属庆国，实际上是由大皇子和范闲统治的独立王国。
至于南庆最大的弑君叛逆范闲，则是携带妻子隐居到了杭州西湖旁。此时的范闲有林婉儿、柳思思两个夫人，有着女儿范小花、儿子范良；父亲范建回家安心养老，妹妹范若若游走天下行医，弟弟范思辙在北齐京都经营着庞大的生意；洪竹和滕子京当着管家，给他打理着范府，一切圆满。
当然，范闲绝对不是简单的隐居闲人。他手握天下第一钱庄，夏栖飞执掌的明家是庆国最大的皇商，范思辙是内库最大的承接者，钱财如水一样流来；他在内库有着无数的眼线与亲信，监察院和宫中也是有着众多的亲信，势力散在整个天下；他还从四顾剑手中接过剑庐，有着多名九品高手效忠，有着无数剑客驱使，同时也有着影子、王启年、宗追等一大批人效力，大东山养伤的五竹也即将归来，武力雄厚无人可比.......
在庆国之外，范闲还有庞大的关系圈。东夷城中的大皇子是范闲的好哥们，荆戈的四千黑骑也驻守在东夷城；北齐的皇帝战豆豆是范闲的“好友”， 还给他生了一个女儿红豆饭；范闲的红颜知己海棠朵朵回了草原当松芝仙令，带领族人打拼......这些人也都是范闲最大的助力，牵一发而动全身。
总之，范闲和身边人在天下织成了一张大网，一环扣着一环。凭着强大的关系网，凭着拥有的强悍武力，范闲也拥有着与人间帝王更胜一筹的地位，整个天下再也没有能够与他抗衡的人物。
神庙被毁灭
最后，不得不提一下的就是神庙。
神庙，是庆余年中最神秘的地方。叶轻眉就是从神庙逃出来的，五竹也是她从神庙带出来的，巴雷特是从神庙带出来的，造就苦荷、四顾剑、庆帝成为大宗师的三本秘籍也是从神庙带出来的......
至高无上的神庙究竟是什么样的存在呢？
在范闲第一次刺杀庆帝后，他与海棠朵朵、王十三郎前去寻找神庙。范闲是个有着二十一世纪人类记忆的人，根据神庙所处之地“半年黑夜半年白昼”知道是在北极，早让范思辙准备了路途上的一应装备。再加上范闲、海棠朵朵、王十三郎都是顶尖武者，他们顺利找到了神庙。
当看到神庙上残缺的天符，范闲惊呆了。当初肖恩说那些符文是上天神秘的旨意，实际上就是字母，范闲通过推断看出是“military museum”。因此，神庙也根本不是什么庙，而是一个博物馆，一个很老很老的军事博物馆。
在进入神庙后，一只青鸟化成一个老者凌空而立。这一幕太过震慑，海棠朵朵和王十三郎以为是仙人出现。实际上，就是全息图像，它是这个博物馆的讲解员，它也通过图画让范闲看到了世界的真相。
范闲所处的时代是21世纪，在之后的数百或者数千年，地球爆发核 战。世界因此毁灭，只有北极上的一座由超级电脑控制利用太阳能的博物馆幸存，依然执行着程序中的指令。
在那场大战后，地球上一部分幸存的人身体发生了变异。这些人在辐射环境影响下，能够利用辐射，但也被打回到原始时代，忘记文字忘记语言，一切重新开始。
博物馆就派出了智能机器人去催化文明的进展，传授结网、结绳记事、文字等。这些人因此被认为是神的使者，而博物馆自然也被称为神庙。
就这样经过数十万年，到了庆国时代。此时世上出现的武者使用的元气就是辐射，叶轻眉带出来的三本秘籍是神庙研究利用辐射的极致，才造就了三个宗师。而大东山是当年战争的爆发点，辐射留存最强烈，也等于是天地元气最强烈。因此，庆帝才会选择大东山决战，五竹也是去大东山养伤。
至于五竹，他就是神庙的机器人。神庙的机器人也不止五竹一个，麻衣宗师是一个机器人，庆帝要杀叶轻眉时调走五竹的也是一个机器人。
由于神庙不能让人类走上旧路，会控制文明过度发展。这才派使者去杀过度提高生产力的叶轻眉，这也本该是神庙最强大机器人五竹的任务，但他被叶轻眉影响的不听神庙指令只服从她，还连杀了多个神庙使者。
在范闲到来时，神庙也要把拒绝命令的他留下，让清除掉记忆的五竹刺死他。不过，五竹还是残留有对叶轻眉和范闲的记忆，并没有杀了范闲，反而被他说动再次与他离去。最终，海棠朵朵和王十三郎也在五竹的不作为下，将神庙中的一切都砸了，包括主机电脑，神庙彻底终结。
就这样，已经存在数十万年的神庙被毁灭了。而神庙使者除去报废的，再加上五竹杀的，已经是一个不留。最终的神庙，也只有五竹这一个机器人了，又回去与庆帝大战了一场，去大东山休养一番再与范闲重聚。
