元末的农民战争以朱元璋在南京（应天）建国而结束，他也由一个地地道道的贫苦农民一跃而成为君临天下的大国皇帝，但当时全国的社会形势却处于全面崩溃的边缘。由于战争的破坏，全国大片土地荒芜，农民流离失所，整个社会人口大量减少。无论南方还是北方，原来繁荣的农业地区都是一派荒凉的景象。
明朝政府招募流亡农民垦荒种田，实行免税3年甚至永不起科的制度。经过几十年的休养生息，人口迅速增加，耕地面积也大幅度上涨。洪武二十四年（1391），全国田地共25.8万余平方千米，到宣德八年（1433）增加到28.5万余平方千米。根据现代学者估计，到万历后期，人口很可能达到1.5亿以上。
随着世界各地经济联系的进一步加强，海外的许多农作物开始进入中国内地，其中最重要的粮食作物有3种，甘薯、玉米、马铃薯，另外还有花生和烟草等经济作物。这些农作物大多于明朝中后期从中国的南方开始传入，逐渐成为中国广泛种植的重要农作物。
甘薯，在各地有不同的称呼，但以红薯、地瓜、番薯，叫得比较普遍。根据《金薯传习录》记载，甘薯最早由福建长乐商人陈振龙从吕宋群岛带回家乡，时间大概是万历二十一年（1593），后来经福建巡抚金学曾的推广，很快在福建的广大地区传播。由于产量高，适应性很强，得到很多贫苦农民的喜爱，尤其是灾荒年代，人们更是亲切将其叫作“救命谷”。根据《东莞县志》和《电白县志》记载，广东地区的甘薯大部分自越南地区引进。著名科学家徐光启更是把甘薯从岭南引种到长江流域，万历三十六年（1608）开始在上海地区试种，并专门写书进行介绍。后来。甘薯的种植区域进一步扩展到了黄河流域。
玉米也是明代开始在中国内地种植。根据有关记载，玉米大约17世纪中后期开始从海外传入中国，很快在中国的许多山地普遍种植。《植物名实图考》记载：“陕、蜀、黔、湖皆曰包谷，山氓恃以为命”。玉米由于适应性强，产量高，又不需要很肥沃的土壤，能够生长在很恶劣的环境，因而得到中国山区农民的喜爱。当灾荒发生的时候，很多农民都种植玉米度过难关。对于中国农业的发展，尤其是抵御自然灾害，玉米明显有着自己的独特优势。
马铃薯，又称洋芋、土豆，在中国内地出现时间大约为17世纪。到清朝康熙时，已有详细的纪录。《松溪县志》写道：“马铃薯……掘取之，形有大小，略如铃子，色黑而圆，味苦甘。”19世纪中期，云、贵、川等省都广泛种植马铃薯。
花生主要分布在南纬40°至北纬40°之间的广大地区，南美洲中部是花生属植物和栽培花生的起源地。现存最早的关于花生从美洲传入中国的文献记载，主要是江浙地区的一些县志，如嘉靖时期的《常熟县志》以及万历时期的《嘉定县志》等。
烟草也叫“淡巴菰”，16世纪中后期开始，从海外分两路传入中国。一路是从南边的吕宋岛，伴随着南边的商人进入中国南部。据明末名医张介宾所著《景岳全书》记载：“烟草自古未闻，近自我明万历时，出于闽广之间，自后吴楚地土皆种植之。”另外一路，也是明朝末年，从北面的朝鲜传入中国东北。《露书》记载说：“关外人相传，本于高丽国。”烟草传入中国后，很快在大江南北广泛种植，成为一种重要的经济作物。
