根据杨逍在《倚天屠龙记》中的说法，方腊确实为明教的教主，但是是第几代帮主，这个没有交代。
据史料记载，1120年的徽宗宣和二年，方腊组织群众以明教的“二宗”和“三际”的说法，在睦州帮源发动农民起义，自号“圣公”。宋徽宗仓皇命令童贯为宣抚使率领一支15万的军队镇压叛军。起义失败，次年，方腊被叛徒告密，被捕并被杀害。
杨逍与张无忌在小说中讲道明教历史时，是这样描写：杨逍沉吟半晌，说道：“但盼真能有这么一天。宋朝本教方腊方教主起事，也只不过是为了想叫官府不敢欺压良民。”他翻开那本书来，指到明教教主方腊在浙东起事、震动天下的记载。张无忌看得悠然神往，掩卷说道：“大丈夫固当如是。虽然方教主殉难身死，却终是轰轰烈烈的干了一番事业。”方腊起义失败的原因实际与徽宗皇帝派去剿灭明教总坛的黄裳有关。
徽宗皇帝只信奉道教，知道方腊的明教后，他颁布了一道圣旨，要求黄裳派兵消灭这些邪魔外道，但是在明教中，有很多武林高手又人数众多，经过几次战斗，黄裳率领的官兵被击败。他一怒之下，单挑明教总坛，一口气杀死了几位法王和使者。
当黄裳率军攻打明教时，明教当时的教主就是方腊。在那场战斗中，黄裳杀死了许多明教高手，其中就包括法王和光明使，并重伤了明教，以致于他们没能支援远在浙东起义的教主方腊，方腊最终被叛徒告密被捕，然后就义，由于当时方腊不在明教总坛，黄裳没有机会直接与方腊交手。
黄裳在与明教一战之后，明教内部人向丐帮求救，丐帮派出当时的帮主一名少年去灵鹫宫向虚竹学习降龙十八掌，学成后向黄裳寻仇，结果少年战死，黄裳重伤，丐帮帮主传位给一名姓钱的帮主，这位姓钱的帮主就是洪七公的师父，这也是为什么洪七公的降龙十八掌没有学全的原因，洪七公靠自己的勤奋才把掌法补全。朝廷大怒，灭了灵鹫宫，虚竹不知所踪，这就是天龙八部后就没有灵鹫宫的原因。
黄裳的家人全部被杀害后，黄裳重伤后隐藏于山林中，为了报仇，他潜心研究仇人的武功招式达40年，之后他重回江湖，但他的仇人已全部死尽，他顿感时间的流逝，也有感于自己的生命，为了不辜负自己多年的心血，便将他破解天下武功的研究成果写成了《九阴真经》。
