1945年11月，抗战刚刚胜利没有多久，苏浙军区第二纵队(即浙东纵队)、第四纵队和苏中军区教导旅合编为新四军第1纵队，组建这支部队，是奉中央的命令，挺进东北。
司令员是叶飞，赖传珠担任政委。
纵队成立后，也做好了准备，原定行军路线是越过陇海路，经山东滨海地区，到达胶东，再由龙口渡渤海到营口登陆。
只不过这个时候，国民党军占领山海关、营口等海上交通和陆上交通，掐断了他们出关的通道，导致部队留在了山东，并加入了山东野战军的作战序列。
叶飞留了下来，担任山东野战军第一纵队司令员，参加胶济路反击战和宿北、鲁南战役。当然，叶飞留在了山东也更合适，毕竟她常年战斗华东地区，自己也是福建人，这里相对更加熟悉，而且他也是粟裕麾下第一猛将。叶飞留下，陈粟大军可谓是如虎添翼。
1947年，任华东野战军第1纵队司令员兼政治委员、第1兵团副司令员兼第1纵队司令员。
1949年2月，叶飞任第三野战军第10兵团司令员。参加了渡江战役、福州战役、厦门战役等一系列战役，并在福建解放后，兼任福建军区司令员。
尽管一纵没有去东北，叶飞也留在了山东，然而政委赖传珠坚持要去东北，甚至致电刘少奇、张云逸等：“一纵不去东北，则我要去东北做军事工作。”
在当时的情况下，内战还没有全面爆发，双方还在和谈。不过东北是所有的中心，双方也都盯着东北，所以在赖传珠看来，东北是有大仗可打的。
他俩此后，在各自的战场上发挥着作用。
中央同意赖传珠去东北，就这样，这位新四军的大管家，离开新四军，绕道朝鲜平壤，去了哈尔滨。中共中央东北局任命赖传珠为吉林（东满）军区副司令员。此后，他的工作重心放在了地方军区。
1947年，赖传珠才担任东野第6纵队政委，这个时候的司令员是洪学智。后来，洪学智离开，黄永胜接任纵队司令员，赖传珠继续当政委。第六纵队改编成第43军，赖传珠成为首任军政委。1949年，赖传珠升任第15兵团政委，是正兵团级将领。
此后，他跟邓华一起率部一路南下，参与指挥了海南岛战役，并成功解放了海南岛。后跟着邓华，又调任13兵团政委。
不过他没有参加抗美援朝，而是调任人民解放军总干部管理部副部长，协助罗荣桓领导全军干部工作。1955年，中国首次评定军衔工作，也是由赖传珠具体负责的。
1955年，叶飞和赖传珠都被授予上将军衔。
