清嘉庆年间齐齐哈尔副都统辖区示意图

清康熙二十二年（1683年），清廷设置了镇守黑龙江等处地方将军（简称黑龙江将军）。黑龙江将军治所经过几次迁移，于康熙三十八年（1699年）迁至今齐齐哈尔，与齐齐哈尔副都统同驻。从此，齐齐哈尔成为黑龙江首府。 光绪年间，黑龙江地区始设地方行政机关。光绪三十一年（1905年），清廷设黑龙江分巡道及其所属黑水厅，管辖齐齐哈尔。次年，齐齐哈尔副都统被裁撤。光绪三十三年（1907年），清廷裁撤黑龙江将军，建黑龙江行省，将黑水厅改为龙江府。