从首季至第二季，范闲仍保持热血沸腾的青年大臣形象；林婉儿依旧天性真纯，柔顺善良；庆帝仍旧深沉冷漠，独断专行；陈萍萍则依然神秘莫测，难以捉摸。
相较于首季的结局，这季以略微轻松幽默的方式收场，舍弃了过度的煽情，预留更多想象空间。
范闲因在悬空庙舍身救人，不幸受伤，生命垂危，幸得妹妹范若若的手术救治得以保全性命；
庆帝担心无法掌控大宗师级别的人物，竟以范闲的性命为诱饵，引诱神庙使者追杀五竹；
陈萍萍与范建，这对干爹与后爹的组合，始终保护着范闲，直至庆帝公开其皇子身份，范闲承诺进入范氏祠堂；
范闲与王启年前往江南，接管母亲遗留的三大坊，差点遭明家与二皇子联手陷害。
尽管如此，主角光环或剧情需求使然，范闲总能在困境中找到出路。
这种跌宕起伏、充满反转的剧情令人欲罢不能。
在大结局来临之际，剧情曾一度走向悲剧。
悬空庙庆帝遇刺事件是整个故事的开端。范闲在赏花会上救下三皇子，自己却身中剧毒。
范闲中毒后，众多名医束手无策，范若若只能冒险尝试手术，成功挽救了哥哥的生命。
范闲康复后，陈萍萍揭露了悬空庙刺杀的真相——三名刺客中有两名无关紧要，另一名刺客竟是神秘的影子。
影子刺杀范闲，实为武痴，且受庆帝之命。
庆帝策划此次事件，意在借此罢黜二皇子的爪牙宫统领，并驱逐叶家。
刺杀当日，宫统领及叶重全家被贬往定州，叶灵儿被扣为人质。
范闲在宫中养伤期间，再次遇刺，同时，范闲为叶轻眉之子、庆帝血脉的消息不胫而走。
皇后为防范闲威胁太子地位，求庆帝废后，但遭到拒绝。
庆帝安排范闲出宫赏花，实则设局引五竹现身，利用神庙使者除掉五竹，再将两人一网打尽。
在这场围猎行动中，五竹身负重伤，寻求范闲帮助时遇到林婉儿，要求林婉儿告知范闲前往江南、三大坊。然而，此时的林婉儿已被仇恨蒙蔽双眼，欲对五竹动手。
范闲受旨南巡至苏州，接收母亲遗留的三大坊，途中官员们纷献礼品，甚至被百姓劫船。
二皇子抢先抵达苏州，会见三大坊主明家家主明青达，暗中操纵灾民偷袭官船，阻止明家倒戈范闲。
在明家父子权力之争中，明青达成为了二皇子的帮凶。
范舰停泊后，他释放了灾民，慷慨解囊，用所携银钱及官员贿赂之物资助他们返乡。
明青达在码头上与范闲对峙，承诺当日给出解释。
他设宴款待范闲，并推举堂弟为替罪羊，承担逼迫灾民、劫船之责。
明青达以子女性命威胁，令其自尽。
当夜，三大坊直属机构转运司突发火灾，主事及工匠悉数丧生。
范闲怀疑此中有诈，此时，早已潜入三大坊的邓子越透露，明家已将原料、货物转移，制造火灾假象。
明青达母子上演这出戏，旨在欺骗范闲及长公主、二皇子，独占三大坊资产。
在邓子越协助下，范闲成功找到明家藏匿的三大坊，杀鸡儆猴，接管母亲遗产。
调查火灾过程中，明青达母子等待着范闲的死亡。
二皇子请来大宗师叶流云刺杀范闲，范闲重伤之下，真气尽失，面对叶流云，胜算渺茫。
但他手持巴雷特，赴约决战。最终，叶流云放过范闲，与他化干戈为玉帛。
至此，故事告一段落。圆满剧情背后，仍有诸多遗憾。期待《庆余年3》的精彩呈现。
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