1990年11月19日，孙立人在台中病逝，第二天，公祭典礼在台中市殡仪馆举行。宋美龄等人送上了花圈。在临终前，孙立人就留下了遗言：不葬大陆，棺材不入土。
蒋介石在台湾的大部分部下，他们的晚年生活并不如意，孙立人就是其中的一个。他曾是蒋介石的心腹，最后却遭到了蒋介石的软禁。
在蒋介石当道时期，遭到幽禁失去人身自由的人，不计其数，但在台湾时期，最有名望的两个人就是张学良和孙立人。
当然，在此之前，二人和张学良的交情都非常深。
张学良和宋美龄堪称莫逆之交，私下里宋美龄也会非常照顾他。但孙立人就没有这么幸运了。他的境遇相比张学良，天差地别。
孙立人去世后，他的次子在接受采访中透露了父亲晚年的心境和生活样貌。
所有进出他们家里的人，都要经过排查，接电话的时候也会有人接听。当他们不在家，安全局的人就会帮他们接听，甚至审问来电话的人是谁。因为这些原因，他们家里几乎没有人敢来。
这也能够说明，孙立人在晚年失去了自由，甚至军人的待遇也被剥夺了。同学们都知道他是将门之后，都觉得他家一定很有钱，但他们不知道的是，家里确实很穷，父亲软禁之后，没有经济来源，他们连学费减免都没有了。后来，他们写信给蒋介石，蒋介石才拨给了他们生活费。
因为那个时候孙立人没有退伍，后来蒋经国的时代才允许办退伍证。所以没有蒋介石的同意，父亲是不能退伍的，就连工作出去工作都不行。
早期为了赚钱，孙立人在家种花养鸡，希望能给家庭增加一些收入。后来，孙立人靠着卖兰花度日。在孩子们的印象中，孙立人是一个生活规律、纪律严谨的人。
为了维持生计，他还在距离家中不远的山区经营了一处果园，他也经常会上山去劳动。
关于父亲的这起案件，孩子们觉得父亲不会有不忠于蒋介石的举动，就算是有，也是被人栽赃陷害的。
1955年，孙立人被软禁，到了1988年才解禁，成为了第二个张学良。解禁后的他，怀念着大陆。就算是他在解除软禁之后仍然不自由，在身体不好的情况下，他也紧急地寻找着他们在大陆的后代，关注着他们的墓地现状。
孙立人常常会流露出对故乡的思念，两岸恢复交流之后，这样的思念也更加迫切。虽然他不能成行，但只要有亲友回到大陆，就会托付他们。
1988年孙立人旧部回乡带来了一张故居的照片。当然他还非常惦记父母的坟墓，1990年，长子孙安平还回来祭奠，当地部门还进行了热情的接待。由此，我们也能够看出，孙立人对故乡深深地思念之情。
1990年，孙立人突然昏迷被送到了医院，11月4日，他因为肺炎和败血症，发生了肺水肿，转入了加护病房。孙立人清醒过来之后，将孩子们叫到了跟前，嘱咐他们：“不葬大陆，棺材也不入土。”这样的遗嘱就连子女都十分惊讶，但看着父亲严肃的表情，他们也只好答应。
11月19日，孙立人在完全昏迷，妻儿商量后为了不让他遭受痛苦决定让他在平静中去世。之后医生拔除了医疗器械，孙立人平静地离开了人世。
孙立人去世后，安葬在台湾台中市大坑东山墓园内，后人按照他的遗嘱并未入土，他的灵柩安放在地面上，是那么孤独，充满凄凉。
