一百多年前的陕甘地区曾发生过一场险些让关中汉族灭绝的战争，清政府耗费了五年时间和大量人力物力才平息了这次动乱，这场浩劫对近代中国的历史走向产生了深远的影响但却鲜为人知。
这就是陕甘回民起义，也有学者称其为陕甘回乱，但不论如何称呼，不可否认的是这是西北汉人和回民共同的惨痛记忆。
经过数百年的迁徙移民，清代陕甘地区居住的回民数量日益增多。清朝同治年间，同治凤翔知抚张兆栋的幕僚余澍畴曾撰《秦陇回务纪略》一书，书中曾写道：
“同治元年壬戌夏四月丙子，陕西回民乱。旧传，陕甘回民系唐郭汾阳借大食兵克复两京后留居中土者，迄今千余年。陕则民七回三，甘则民三回七。明永乐中，徙实江淮，由是花门族类，几遍天下。”
由此便有了陕西汉七回三，甘肃民三回七的说法，按照同时期陕西接近1400万的人口计算，这一时期居住在陕甘地区的回族已达百万众。这一说法虽不完全准确，但足可见在陕甘回变之前，陕甘两省的回民人数已成相当规模。
因为风俗习惯的不同，汉人和回民常因为土地或经济问题产生摩擦，又由于关中地区自古以来便有宗族私斗的传统，这些摩擦一旦升级便会演变成数千人参与的械斗。每当发生矛盾或械斗，双方经常不论是非对错，只论是回民还是汉人。又因为当时的地方官员普遍是汉人，在一些问题上多多少少会偏向汉人，又因为汉人当时是占据了绝对主导地位的主体民族，这就造成了当时普遍存在歧视回民的现象，回汉之间的民族矛盾日益尖锐。
1862年正月，太平天国在经历了连续的内斗和战败后颓势已显，面对多隆阿带领的清军不断逼近，扶王陈得才联合遵王赖文光、启王梁成富、祜王蓝成春等四王为西路军，率领太平军精锐三万余人，“往河南、陕西等处去打江山”。1862年2月27日，太平军攻入陕西境内，清政府组织“回勇”进行围剿，后陈得才兵败，这些回勇便脱离了清军，这些回勇也成为了后来屠杀汉人的主力。
由于太平军和捻军等起义军进入陕西和清军作战，此时的西北地区就像一个巨大的火药桶，只需要一点火星就足以引发席卷全境的动乱。
关于回乱的起源又很多种说法，其中流传最广的一种说法是，1862年4月，渭南某地的回民找到当地的汉人购买竹竿，但交易的过程中汉人临时涨价，回民拒绝接受，双方便爆发了冲突，这场冲突中双方各有死伤。冲突结束后，回民找到官府请求严惩汉人，但遭到了无视并被地方官斥责无事生非，随后渭南当地的官绅以抓太平军间谍的名义处死了十几名回民，并在第二天夜晚带领团练烧毁了回民聚居地的房屋，之后回汉双方便爆发了大规模的械斗，一场造成超过1200万人死亡的浩劫由此开始。
虽然回乱的起源也无从考证，但一般的观点认为，这场动乱起初确实是汉人理亏，左宗棠曾说，陕回之祸由于汉回构怨已久，起衅之故实由汉民。
回乱开始后，与回民聚居地相邻的大荔县八女井村首先遭到攻击，全村上下一万余人惨遭屠戮，有的地方回汉关系较为温和，当地的回民自发组织保护汉民，但这也只是徒劳，所有的汉人均被杀害。回乱爆发数日，渭南县的数个汉族聚居地便被回民军队屠戮一空，与一般的起义军或土匪军相比，回民军队并不为抢劫财物或者夺取天下而来，他们的目的只有一个，杀掉所有汉人。
回民军队在杀戮中疯狂宣泄着仇恨，另一边清政府紧急调派胜保、多隆阿为钦差大臣进入陕西弹压回民叛乱。多隆阿在民间记载中多有美名，其中一个原因便是多隆阿杀起回民毫不手软，不论男女老少、有无参加叛乱，只要是回民均被处死。多隆阿带领清军攻破王柯屯、羌白镇后，纵兵屠戮不封刀，将全镇上万回民全部处死。
1863年8月，祸乱陕西的回民军队被清军赶出了陕西，被迫逃往甘肃，至此陕西回乱的第一阶段结束，更加惨烈的第二阶段开始了。
陕西回乱爆发之后，隔壁的甘肃回民迅速响应，他们训练军队、攻击府衙和汉人村庄。由于甘肃境内的清军数量远少于陕西，短短几年时间，甘肃除了省会兰州和其他少数几个城市之外，其余都被回民军队占领。回民军队所到之处对汉人实行了令人发指的屠杀政策，他们每攻下一个地方，不论男女老少，官军平民，通通处死。
1866年，退至甘肃东部董志塬的回军开始联合甘肃境内的回民叛军，他们按营地将回民军队整编为十八大营联合作战对抗清军，此时陕甘境内的回民叛军转入第二阶段，开始对西北汉人实施有组织的屠杀。
1867年，回民叛军趁清政府追击捻军重新杀回陕西，但不久便被清军击溃，后又退回甘肃。
1868年，左宗棠进入甘肃平定叛乱，自1862年至1868年这六年间，甘肃的回民军队对甘肃境内的汉人进行了有组织有预谋的屠杀，不少城市变成了空无一人的死城。比如一支回民军队花了1年之久围攻灵州，在1863年12月攻下该城后，据说屠杀了10万汉人。
比如1863年一份奏报称，固原县被回军攻破，“汉民殆尽”。
据清末《甘肃新通志》称“固原回叛……城内官民男妇共死者20余万人”。同是《甘肃新通志》记载，同治2年8月，回民攻陷狄道州城，居民10余万被屠杀；同治5年，陕西回军与靖远回民里应外合攻破靖远县城，城中10余万汉人被杀，逃出者只有大约十分之一二。
由于左宗棠进入甘肃时间晚于陕西，所以甘肃汉人的死亡人数要远高于陕西，甘肃的战乱持续了12年，战火遍及全省，死亡人数远多于陕西。根据《中国人口史 第五卷清时期》的分析，平凉府1861年人口281.2万，1880年人口仅剩下32.1万，减少了249.1万。庆阳府1861年人口141万，1880年12.3万，减少了128.7万，宁夏府1861年人口166.9万，1880年17万，减少了149.9万。整个甘肃1861年人口1945.9万，1880年人口495.5万，减少了1455.5万，全省人口损失高达74.5%。
白彦虎
这场动乱后续同样波及了新疆，叛乱后期，回民叛军首领白彦虎勾结阿古柏和境外势力妄图分裂领土，在西北地区建立一个以回民为主体的宗教国家，后来左宗棠消灭了阿古柏收复新疆，白彦虎窜逃至沙俄，其余部曾多次分道骚扰清朝，抢粮饷，劫商旅，“戕官弁，杀行客，掠台马”，肆意骚扰。 俄罗斯帝国从其政治需要出发，拒绝将白彦虎引渡给清政府，并准许进入俄境的白彦虎余部5年不纳粮，20年不抽丁。白彦虎及其部下的后代在中亚地区繁衍生息，成了现在的东干人。
现在不少人将白彦虎美化成农民起义领袖，将这场造成2000万人伤亡的人间惨剧说成是农民起义，这是违背客观事实的，陕甘回变从一开始的目的就不是推翻腐朽的清王朝，而是针对西北地区汉人的报复和屠杀。清政府为了平息这场回民叛乱，花了五年时间，仅拨付左宗棠的军费就高达一亿一千万两白银，到后期甚至不得不以海关关税为抵押向国外银行贷款，由于耗资巨大，清政府后来对铁路修建和海军建设的投入捉襟见肘，也为甲午海战的失利埋下了祸根。
最后用左宗棠的一句话总结，“不论汉回，只分良匪”。任何形式的反人类暴行和分裂国家的行为都将被钉在历史的耻辱柱上。
