明朝永乐年间，在黑龙江流域设置了奴儿干都司，也控制女真各部。虽然奴儿干都司在历史上存在的时间非常短暂，但在历史上的地位却不可忽视。
奴儿干都司建立于黑龙江的入海口，这里自古以来就是东北重要的军事据点。《大元大一统志》记载：“东北曰哈州，曰奴儿干，城皆渤海、辽、金所建”。可见早在渤海国就在此建立城堡。
我们观察地图就会发现，奴儿干城已经在东北大陆的末端，在这里建城堡并非是控制整个黑龙江的最佳据点。之所以渤海、辽金都会在此建立军事城堡，其主要的目的是为了防范库页岛的居民来侵犯。
库页岛距离黑龙江很近，这里夏季被海水阻隔，人们只能通过航运登陆；冬季时候海水结冰，人们可以直接跨过两岸。在库页岛一带生活的居民，叫做吉里迷人，他们经常跨海劫掠，影响黑龙江的正常管理秩序。元朝时期，为了对付吉里迷人，就在奴儿干设置了征东元帅府，并驻扎了军队。经过几次战争，元朝才基本征服了库页岛。
黑龙江流域
朱元璋建立明朝后，向东北派遣了使者进行招抚，于是女真各部纷纷归顺于明朝，明朝也对女真各部进行了册封，与之进行朝贡贸易。最初，奴儿干一带的部落被封为“奴儿干卫”，但到了永乐年间，就建立了奴儿干都司。为什么永乐帝要大费周章在此设立都司呢？从后面永宁寺的毁灭来看，设立都司其中一个重要的原因依然是防范吉里迷人。
库页岛的土著居民
奴儿干都司的另外一个职能就是招抚黑龙江下游的女真部落，并与之进行朝贡贸易。《明实录》记载为“统属其众，岁贡海青等物，仍设狗站递送。”根据相关的研究资料表明，奴儿干都司并没有控制整个黑龙江流域，而是管辖黑龙江下游的部落，宣德皇帝给都指挥康旺等人的敕谕中提到“敕谕奴儿干、海东囊阿里、吉列迷、恨古河、黑龙江、松花江、阿速江等处野人头目哥奉阿、囊哈奴等皆受节制。”而大部分的女真部落都只是直接和明朝发生联系，并不需要经过奴儿干都司作为中间环节。
兀者卫在奴儿干都司成立之后仍保有都指挥的头衔，并肩负着招抚未归顺女真头目的使命；奴儿干都司只是部分取代了兀者卫的职能，都司辖境实际上只包括黑龙江下游及库页岛等地。——杜洪涛 《奴儿干都司辖境考辨》
按照明朝的制度，都司之下设置卫所，但奴儿干都司却无法管辖各羁縻的卫所。《殊域周咨录》云：“寻复建奴儿干都司于黑龙江之地，设都督、都指挥等官，与各卫所不相辖属。”这其中一个重要的原因就是黑龙江流域的卫所基本都是名义册封的，明朝并未实现真正的驻军管辖。
从奴儿干都司将领的编制上看，奴儿干都司也并非是真正的都司。宣德六年，明朝任命“命都指挥佟答刺哈侄胜袭为都指挥佥事”，这里一个“袭”字说明都指挥佥事是世袭的，也就是这个都司带有强烈的羁縻色彩。如果是明朝的正规官员，那应该领取相应的俸禄，而佟答剌哈的俸禄则是由三万卫来支付，并且只是“百户俸”，真是高职低俸，并且俸禄是一个卫给的。这说明奴儿干度都司表面级别高，实际上很低。
奴儿干是明朝在黑龙江流域唯一驻扎军队的地方。根据《明实录》记载，永乐十二年，明朝派遣了200名士兵前往奴儿干驻扎，驻扎时间为两年，之后进行更替。这200名士兵就是在奴儿干的常规兵力。由于奴儿干城的位置十分偏远，补给困难，冬季还会和内地失去联系，因此驻扎军队是一件非常困难的事情。
到了夏季，黑龙江的冰化了，明朝就会派遣上千的军队通过松花江、黑龙江的水道进入奴儿干城进行巡游、视察。在奴儿干都司设置了20年间，明朝一共9次巡游黑龙江。为了保证巡游能够正常进行，明朝在松花江上建造了造船厂。
这种巡游活动和郑和下西洋的性质十分相似，在巡游的过程中，除了炫耀国力之外，还会接受“贡品”，并对“进贡”的部落进行大规模的赏赐。但这种活动是需要雄厚的财力来维持的，各部落要么是暂时屈服于明朝巡游的兵力，要么是贪求明朝使团带来的财物，因而基本都会选择“臣服”。但巡游的军队一走，叛乱就很有可能发生。
为了得到更多的赏赐，当时许多女真部落还选择了两面臣服，也就是一方面接受明朝的招抚、接受了明朝的封官，另一方面又接受了朝鲜的招抚，接受了朝鲜的封官。朝鲜对女真各部采取的也是“薄来厚往”，也就是大规模赏赐。根据统计，明朝永乐年间在黑龙江流域封了184个卫所，但其中79个也接受了朝鲜的册封，其中也包括建州女真首领猛哥帖木儿。
1412年，明成祖派遣女真太监亦失哈带领船队巡游奴儿干城，这次亦失哈“亲抵海外苦夷”，这里的苦夷就是库页岛，宣布对这里的吉里迷人进行安抚，并册封两个部落为襄哈儿卫、兀烈河卫。为了纪念这次巡游的功绩，亦失哈下令在奴儿干附近修建了一座永宁寺，并勒石建碑。
永宁寺碑
1432年亦失哈最后一次巡游奴儿干的时候，却发现永宁寺被毁灭了。毁灭永宁寺的人就是库页岛和黑龙江下游的吉里迷人。亦失哈下令抓捕了毁灭寺庙的人，但没有进行处罚，而是“特别宽恕，斯民谒者，仍宴以酒，给以布物，愈抚恤。”
明朝在黑龙江流域的军事力量十分薄弱，因而对这些吉里迷人只能选择安抚。如果真的发动了战争，那一定是得不偿失的。
明成祖时期，由于好大喜功，穷兵黩武，并开展“万国来朝”的朝贡贸易，派遣郑和下西洋，导致国家国库迅速亏空。到了仁宣年间，国家财政危机严重，就不得不全面收缩，朝贡贸易大幅度减少，郑和下西洋停止，边疆的各种羁縻机构能撤就撤，以减少开支。
古代朝贡的画面
自从1432年后，明朝就不再派遣军队巡游黑龙江。1433年，明朝将奴儿干都司内迁到了辽东。此后，奴儿干都司就是有其名而无其实。《明实录》记载，此后奴儿干都司还多次出现在明朝历史上，但基本只是记载奴儿干都司对明朝朝贡，实际就是一个部落来朝贡贸易。
奴儿干都司的主要职能是对东北北部少数民族的招抚。当大规模的有组织的招抚工作停止的时候，奴儿干都司实际也就失去了存在的意义。——张士尊《奴儿干都司职能分析》
综上所述，明朝在黑龙江的管辖那是十分薄弱的。在永乐年间，虽然有奴儿干都司的设置，但这是一个羁縻的机构，驻扎军队只有200人，只能通过巡游的方式来加强控制。而永乐之后，驻扎军队已经调回，巡游也停止，黑龙江的所有都司、卫所都成为了空壳机构，甚至女真和明朝还发生战争，明朝对东北的控制已经名存实亡。
