1947年9月，赖传珠被调去担任东北民主联军6纵政委，此时的6纵政委已经空缺多时了。
在他未到6纵之前，纵队领导班子司令员洪学智、副司令杨国夫，副政委刘其人，可赖传珠来东北的初衷是想干军事工作。
6纵在1946年8月成立，首任司令员是陈光，这支部队是由新四军3师7旅和杨国夫7师，以及渤海军区组建的独立旅组建而来。
其中，7旅组建历史非常悠久，是南昌起义的部队，是当之无愧的“老大哥”部队，后改编为16师。7师是山东军区渤海军区主力，擅长爆破，在日后的攻坚作战中，一直担负最重要的任务，改编为17师，而独立旅改编为18师。
也就是说，除16师外，17师和18师都是杨国夫过去领导的部队。
1947年初，三下江南作战中，陈光与总部首长意见相左，加上身体有恙而离开前线。此时已经在后方剿匪完成的洪学智被紧急调任6纵担任司令员。纵队有司令、副司令、副政委、参谋长、政治部主任，空缺政委。
洪学智当上司令员后，就投入作战当中，而且奉命组织6纵与独立2师温玉成部打德惠攻坚战。很多人认为三战四平是东北部队第一大兵团攻坚战，实际上德惠攻坚战投入四个主力师以及炮兵部队。或许缺乏攻坚作战经验，一个师打一个方向，没有重点。还有一点就是情报有误，以为守敌只有1个团，实际上敌人5000，有新1军150团残部，新1军50师全部加上1个地方保安团。
新1军是敌人王牌主力之一，战斗力强，装备好，单兵作战能力经验丰富。加上我军攻城缺乏重武器，敌人防御攻势坚固等原因。
就在部队打德惠时，敌人新1军和71军各两个师增援，洪学智接到命令，撤出战斗，转向江北，此战歼敌1300。德惠攻坚战后，6纵奉命在拉吉线展开作战，交战对手是新1军112团，最终歼敌3400余人，将敌人112团和54团歼灭。
夏季攻势展开时，17师被调去1纵、辽吉纵队一起打展开四平攻坚战，或是对敌兵力以及战斗能力估计不足，7个师在攻城作战时遇到顽强阻击，打得相当激烈。1纵与辽吉纵队伤亡不小。上级调洪学智指挥的16师、18师投入战斗，统一指挥1纵一师、辽吉纵队，采取添油战术，差一步就可以将敌人歼灭，可敌人增援即将到来，最终还撤退。
夏季攻势结束后，部队进入休整，迎接下一次秋季攻势。
9月，上级将赖传珠调去担任政委，加强政治领导。
赖传珠担任东满军区副司令，从职务上高于纵队政委，他到东北不容易。
我们知道在土地革命时期，赖传珠长期负责政治工作，抗战开始后，调新四军担任参谋处长、参谋长，尽管不带兵打仗，可长期负责军事工作。1945年11月，组建华中1纵，担任政委，与叶飞率部奔赴东北，抵达山东后形势变化，编入山东野战军序列。
赖传珠战斗一段时间后，向上级多次发电，要求到东北从事军事工作，为前线服务。当时内战没全面爆发，而且在和谈中，东北除外，因为觉得当时东北就是前线。
最终到1946年9月，他离开山东挺进东北，担任东满军区副司令，后兼任独立师师长。在到东北将近1年时间里，他的工作就是发展地方武装建设，那时候主力纵队打大仗，军区的工作负责很多具体工作。
作为司令洪学智来说，赖传珠到来是非常高兴的，俩人是老熟人。抗战时期在新四军，赖传珠担任军参谋长，洪学智担任师参谋长。此后，6纵展开对吉林守敌60军展开进攻，又对暂52师、207师进攻，与兄弟部队合作，连续不断作战，经过秋季攻势、冬季攻势。
在冬季攻势时，总部召开政治工作会议，纵队司令员、政治部主任基本上都去总部开会，会议长达一个多月，直到冬季攻势结束后，直到1948年3月才返回，此时上级调洪学智调上干大队大队长，接替陈伯钧。赖传珠与另一位新调任的司令搭档，参加辽参战役。
辽沈战役后，洪学智回到6纵，再次搭档司令员，参加平津战役，又南下解放中南，一路打到广东。
