抗日战争结束以后，蒋介石集团追随美国，企图移植美国的军事制度，全面推行「军队国家化」，阉割原「党军」的革命性和进步性，改变国民革命军的性质，削弱军队战斗力，这是国民党军队失败的制度原因。
国民党「党军」体制
国民党「党军」体制是从创办黄埔军校开始的。
1924 年 6 月，中国国民党陆军军官学校在广州市黄埔区正式成立，蒋介石为校长，廖仲恺为驻校党代表，校长及党代表对国民党总理负责，以「党权高于一切」为原则。各级党代表都由廖仲恺「遴选教官、学生中之富于政治学识者，呈请中央任命之，除实行政治训练外，凡军队一举一动、一兴一废，均受其节制，以示党化」。「党代表按部组织各级分部，以为将来各军之模范」。
1925 年 4 月 13 日，国民党中央执行委员会决议，以教导团为基础，正式建立「党军」：「凡军队一举一动，都受党代表的指导与监督。换句话说，就是受党的指导与监督，是完全党化的军队。」国民党借鉴苏俄红军「支部建在连上」的经验，在军、师、团、营、连各级设立党代表（连一级有的称为政治指导员），代表党执行对部队的管理和统帅。
1926 年 3 月 19 日，国民政府军事委员会颁布《国民革命军党代表条例》，规范军中党代表的权利和义务。国民革命军实行党代表制度的目的是：「为灌输革命精神，提高战斗力，巩固纪律，发展三民主义之教育。」
《条例》规定：「关于军队中之政治情形及行为，党代表对党负完全责任，关于党的指导及高级军事机关之训令，相助其实行，辅助该部队长官，巩固并提高革命的军纪。」「党代表为所属军队之长官，其所发命令与指挥官同，所属人员须一律执行之。」「党代表有会同指挥官审查军队行政之权」，但「党代表不干涉指挥官之行政命令」，如果「认为指挥官之命令有危害国民革命时，应即报告上级党代表，但于发现指挥官分明变节或叛党时，党代表得以自己的意见，自动设法使其命令不得执行，同时应报告上级党代表及军事委员会主席」。在党代表与军队党部意见分歧时，「有停止该党部议决之权，但同时应将理由速行报告于上级党部及政治部」。
「军事长官拥有指挥部队之『能』，党代表拥有领导部队之『权』，『权』『能』分治。」国民党通过党代表与军事主官并行的「党政双轨制」，将军权置于国民党的掌控之中，保证国民党对军队的领导。
部队政治部是国民革命军中执行政治工作并受「党的指导，根据党的主义、政策去训练士兵和民众的特设机构」。它起源于黄埔军校，在周恩来等人的努力下，机构不断完善，编设了总务、宣传、党务 3 个科和编译委员会、政治指导员、政治教官等，并按组织编制明确分工。这时军校政治部工作才真正开展起来。
1925 年 8 月，国民政府改编国民革命军，在国民革命军 8 个军的军、师两级也都设立了政治部。国民政府军事委员会设立了政治训练部，后改组为国民革命军总司令部政治部、军事委员会总政治部，总政治部下设宣传、组织、训练、党务等科及各项特种委员会。团以下则设立政治指导员，职权与同级军官相同。政治部主要任务是：对内，负责对全体官兵进行政治训练和指导党务活动，以使他们具有正确的政治意识，增强革命精神，遵守纪律，信仰主义，保证完成国民革命的使命；对外，负责宣传和组织群众，以实现孙中山提出的武力与民众相结合，使人民群众支持革命军队的行动。总政治部控制着各军、师、海军局、空军局、中央政治军事学校及总参谋部和军需部中的所有党代表，指导军队中所有党、政治、文化和群众发动工作的开展，在权力系统中占有十分重要的地位。
黄埔军校、国民革命军均设立了公开的国民党党部，属国民党中央领导，下设区党部和区分部；北方国民联军也设立了最高特别党部，以此来加强对部队的控制。1924 年 7 月 6 日，成立黄埔军校特别党部，蒋介石等 5 人被选为执监委。各部处设有党小组，平均每小组约 14 人，党小组长负责监控学员的思想和行为，检查他们的阅读材料。国民革命军借鉴苏俄红军「支部建在连上」的经验，在连、团、师、军设立党部，旅、营级不设党部。在各级特别党部的组织构成上，团级以上党部设执行委员会，执委 9 人，候补执委 3 人，分管宣传、组织和财务等，设监委若干。连级设队党部，只有执行委员会，执委 3 人，候补执委 2 人，不设监委。排、班级不设党部，只设党小组，设正副组长各 1 人。党部在党员中间开展教育活动，并以党纪约束党员。
党代表制、党部、政治部三位一体。党代表制是核心，其代表国民党对军队的领导，领导政治部的工作；党部直属于党代表，负责对党员的教育与监督；政治部负责实施思想政治工作。国民党通过这一制度建立了不同于军阀独裁的新式军队。这支军队具有进步的革命精神、高昂的士气，在反对北洋军阀的斗争中勇往直前、所向披靡。毛泽东对其曾高度评价：「那时军队设立了党代表和政治部，靠了这种制度使军队一新其面目。一九二七年以后的红军以至今日的八路军，是继承了这种制度而加以发展。」
军事体制「国家化」的演变
1946 年 6 月，国民党政府根据美国的意见，将军事委员会改为国防部，将军事委员会政治部改为国防部新闻局，新闻局为参谋长的幕僚机构，负责军队教育，大大缩小了原政治部的职能。国防部另成立监察局和民事局，负责军队的监察、民事工作。部队中各级政工机构也进行调整，各级政治部室被取消，军政治部改为新闻处，师政治部及团指导员室改为新闻室，主官一律称为主任，连一级仍然称指导员。政工机构与部队是配属关系，调整后，成为隶属关系。新闻室归部队长官直接指挥，人事、经理及业务原来都是自成一系统，改制后都归军事长官直接指挥监督，上级新闻机构无权进行干涉，新闻工作人员只能根据部队长官的意见开展工作。新闻主官职位低，居于副主官和幕僚长之后，编制少，新闻人员情绪低落，大大降低了政治工作的效果。
1946 年 12 月，国民党反思内战失利的原因，认为一个重要原因就是取消了特别党部，使党失去了对军队的控制。1947 年，又恢复党部组织，对外保密，改名叫「党团干事会」。国民党在军队内又成立了各级党部组织，由政工人员兼办党务，军队党务工作也得以恢复。在实际工作中，军队党务工作几乎陷于停顿状态，政工人员只应付部队长官的临时派遣，例如征兵、抓逃兵和纠察部队军风军纪。
1948 年 2 月，国民党将国防部新闻局改为政工局，各军事机关及部队整编师（未整编军）新闻室改为政工处，主官称处长，团及营则设政治指导员室，主官称主任，连一级还是称政治指导员。政工局与新闻局地位、体制相同，但组织系统结构不同。新闻机构是部队的幕僚单位，受各部队长官直接指挥监督，所有人事、经理都由部队长官决定。新闻机构上下级之间没有纵向关系，只能通过部队长官发生横向联系。而政工部门却自成一系统，可以做到上情下达，下情上传。
在当初的党军体制下，国民党通过连队党代表（有的部队设政治指导员）和连队党部，传播革命思想，执行革命的政策，确保了部队的革命性与进步性。蒋介石推行「军队国家化」后，对连队政治工作体制进行很大的调整，设立纪律监察评判会、经理伙食委员会、生活小组、中山俱乐部，以及爱民会、互助会、政工服务员等，从部队基层改变党军体制。
蒋介石打着「军队国家化」旗号，把孙中山创建的「党军」逐步沦为个人独裁的工具。「以党治军」变成「以军制党」，孙中山「建立一支由革命党人完全控制的武装」的努力破产。军队的党务系统和政工系统沦为蒋介石的御用工具。20 世纪 30 年代，军队政治工作以「一个主义、一个领袖」为指针，抗战时期以「一个党、一个政府、一个领袖」为圭臬，在部队中强化官兵对于蒋介石的个人崇拜。这一体制是国民党实施一党专政独裁体制的制度保障，在维护蒋介石的个人权威方面具有较大作用，但非常不利于提高部队战斗力。
军队由于失去了灵魂，战斗力锐减，这是国民党失败的重要原因。我党批判地继承孙中山「党军」制度的有益经验，从我国国情和军情出发，创造和坚持具有鲜明中国特色的党对军队绝对领导制度，保证了人民军队的性质和政治本色，这是我党及其领导下的人民军队最终战胜强大中外敌人的根本秘诀。
