肥前有马氏家纹
起源
根据家传，肥前有马氏是藤原纯友的儿子藤原直澄的后裔。另有说法，藤原直澄原本是肥前国藤津庄的庄司，是被平正盛讨伐的平清澄之子，僭称为藤原纯友的后裔。
建保年间，藤原经澄被授予肥前国高来郡有马庄的地头职，因此称有马氏。
肥前有马氏谱系图
肥前有马氏谱系图镰仓时代，有马氏占据高来郡南部。南北朝时代，有马氏臣属于菊池氏和少贰氏。室町时代明应年间的史籍可以看到“肥前守贵纯”的名字。
战国时代
肥前有马氏开始崭露头角始于有马贵纯时代。有马贵纯是有马氏澄之子，儿子为有马尚鉴、长崎康纯，女儿是大村纯伊妻子。有马贵纯致力于有马氏的战国大名化，以日野江城为据点，统治高来郡，控制藤津、杵岛两郡，建设了原城，形成了在龙造寺氏崛起前的有马氏最大版图。
肥前国分郡图
有马贵纯之后是有马尚鉴。有马尚鉴之后是有马晴纯继承。有马晴纯的弟弟西乡纯久是肥前西乡氏当主西乡尚善的养子。西乡氏作为有马氏属下，守护着有马氏在东肥前的前线。西乡纯久经常辅佐哥哥有马晴纯，与后藤氏等势力作战。
有马晴纯进一步扩大了有马氏的势力，以高来郡为中心统治岛原半岛一带，垄断了南蛮贸易，创造了肥前有马氏的鼎盛时期。其实力也得到室町幕府将军足利义晴的认可，天文8年（1539年），从足利义晴那里得到了偏讳，同时被任命为修理大夫。
天文15年（1546年），有马晴纯攻下龙造寺家兼的居城水之江城，但2个月后又被龙造寺家兼夺回。
有马晴纯的次子大村纯忠是肥前大村氏当主大村纯前的养子，3男千千石直员是肥前国人千千石氏的养子，4男松浦盛是相神浦松浦氏当主松浦定的养子，5男志岐诸经是肥后天草诸岛志岐城主志岐镇经的养子。有马晴纯通过送出养子的方式，加强对肥前的统治。
天文19年（1550年）葡萄牙商船开始在有马氏领地开展贸易。由于南蛮贸易的兴盛，有马氏得到了进一步的发展，同时基督教也开始在领地内传播，厌恶基督教的有马晴纯进行了激烈的镇压。
天文21年（1552年），有马晴纯隐居，把家督让给嫡子有马义贞。此时，随着龙造寺氏的崛起，大友宗麟和龙造寺隆信等势力人对肥前展开激烈争夺，有马氏的势力范围开始大幅缩水。由于有马义贞对待基督教的不同态度导致与父亲争执不断，邻国的大友宗麟和龙造寺隆信步步紧逼，原先臣属的西乡氏的西乡纯尧（有马义贞的姐夫）等势力的抬头，使有马氏逐渐沦落为仅支配高来郡一郡的小势力。
永禄7年（1564年），由于有马义贞与有马晴纯的矛盾逐渐升级，同时由于在前一年与龙造寺氏的战斗中失败，有马义贞被父亲驱逐，家督之位由儿子有马义纯继承。
永禄9年（1566年）有马晴纯去世，享年八十四岁，有马义贞重任家督。
元龟元年（1570年）有马义贞又将家督让给了儿子有马义纯，但第二年元龟2年（1571年）有马义纯突然死亡，因此次子有马镇纯（后来的有马晴信）以哥哥养子的形式继任家督。有马义贞的一个儿子波多亲是肥前波多氏当主波多盛的养子，另一个儿子千千石纯友继承了千千石氏。
天正4年（1576年）4月，在经历了多次犹豫后，有马义贞最终接受了弗朗西斯科?卡布拉尔神父的洗礼，成为了天主教徒，家臣中也有很多人受洗成为教徒。
天正4年12月（1577年1月）有马义贞去世，享年五十六岁。
有马镇纯最初从大友义镇（大友宗麟）那里得到了偏讳，后来受到足利义晴的偏讳，改名有马晴信。元龟2年（1571年）有马晴信继承家督时只有5岁。最初臣服于丰后大友氏，但是在龙造寺隆信及其支援的西乡纯尧、深堀纯贤兄弟的压迫下，有马晴信不得不在龙造寺氏的攻势下臣服。
随着大友氏在元龟元年（1570年）的今山之战中败给龙造寺氏和天正6年（1578年）的耳川之战败给岛津氏，九州从三强并立进入岛津氏和龙造寺氏两强争霸的时代。此时，龙造寺氏已经统一肥前国，压制肥前的大村、松浦、后藤、有马等各势力，并控制了肥后半国、筑前、筑后和丰前的一部分。
天正9年（1581年），岛津氏在征服了肥后国南部后开始北上，与龙造寺氏展开交锋。有马晴信不堪忍受龙造寺氏的控制，暗中与岛津氏联络。
天正11年（1582年），有马晴信突然向龙造寺隆信举起了反旗，出兵攻打深江城，同时向岛津氏求援。龙造寺隆信立即出兵援助深江城，和有马军进行了一系列小规模的战斗，双方打成了平手。
冲田畷之战
天正12年（1584年），龙造寺隆信得知有马晴信联络了岛津氏，于是亲自出兵攻打有马氏。3月，龙造寺军登陆岛原半岛北部的神代。
有马晴信向驻军肥后八代的岛津军请求援军。当时，岛津氏正在着手平定肥后，但是对待有马氏的求援也不能置之不理。由于岛津军的主力在平定肥后同时要防备大友氏，当主岛津义久派弟弟岛津家久、颖娃久虎、新纳忠元、猿渡信光、伊集院忠栋、川上忠智等人带领不到5000兵力支援。幸运的是，岛津援军到达时，因为岛津氏水军的袭扰，龙造寺大军并未完成集结。
龙造寺氏家臣锅岛信生（后来的锅岛直茂）劝告主君龙造寺隆信要警惕岛津军，建议打持久战，在岛津后援补给不足撤退后再进攻有马氏。但龙造寺隆信认为己方有压倒性的兵力优势，没有听取谏言。
由于岛津有马联军兵力不足，有马晴信主张等岛津主力到达后再决战，但知道没有主力到达的岛津家久策划了积极防御歼灭龙造寺军的方案，战场设定在岛原北方的冲田畷。当时，岛原周边从海岸线到前山的山脚下有广阔的湿地和深田，前山和森岳城之间的道路非常狭窄，冲田畷是条纵贯湿地的窄路。联军为了封锁这条窄路，筑起了大木门，在森岳城筑起了栅栏，加强了防备。此时的联军布阵以有马晴信为总大将，本阵设在森岳城，海岸线上部署着伊集院忠栋等1000多人，内陆一侧防守大木门的是赤星一党的50人，岛津家久军作为伏兵埋伏在森岳城的背后，新纳忠元等1000人作为伏兵潜入了前山的山麓。
冲田畷之战形势图
3月24日凌晨，龙造寺军到达冲田畷，锅岛信生攻打山手，龙造寺隆信的次子江上家种和后藤家信等人攻打滨手，龙造寺隆信的本队布阵准备直接突击冲田畷，攻向森岳城。
岛津有马联军在森岳城的北面和前面筑起障碍，配置了少量的骑兵。除了守城的有马军主力外，其他兵力全部隐藏在防线前面的山阴待命。龙造寺隆信登上俯瞰森岳城的小山，傲慢地表示，敌军数量很少，很容易获得胜利。
上午8点左右开始战斗，岛津军采用诱敌战术，假装败退。追击的龙造寺军先阵受到弓箭和火枪射击崩溃，其他部队想来帮忙，但是道路两边都是湿地和深田，龙造寺军无法展开，只能被动挨打，逐渐陷入混乱。
龙造寺隆信为了确认前线战况，派遣吉田清内作为使者查看情况，但吉田清内假传命令，要求前线诸将不惜一切代价向前进攻。此时，潜伏的岛津军伏兵突然用弓箭和火枪射击，被袭击的龙造寺士兵因道路拥挤掉入深田而被射杀。但后退的部队和不知道前线情况正在前进的后续部队挤在一起，陷入更大的混乱。在另一边的滨手战场上，龙造寺军的江上、后藤军2千人受到联军水军的炮击而败走。抓住机会的联军马上转移到阵前出击，带着伊集院忠栋的部队和有马军主力从滨手方向攻击了龙造寺军的本阵。
到下午2点，龙造寺军的本阵被攻破，龙造寺隆信被岛津方的川上忠坚杀死。冲田畷之战以岛津有马联军的胜利而结束。
安土桃山时代
天正15年（1587年），丰臣秀吉发动九州征伐，有马氏与岛津氏断绝了关系，加入了丰臣方，保全了高来郡4万石领地。
有马晴信在继承家业之初，厌恶基督教，但后来态度逐渐转变，在天正8年（1580年）接受洗礼成为天主教徒。天正10年（1582年）与大友宗麟和叔父大村纯忠一起派遣了天正遣欧少年使节团。在冲田畷之战中，他将教皇赠送的“圣遗物”挂在胸前，举着画有大十字架、写着耶稣的名字的军旗英勇战斗。在战前立下了誓愿，将长崎附近的浦上之地捐赠给了耶稣会。在天正15年（1587年）丰臣秀吉颁布禁教令后，他保护了数以万计的基督教徒，自己也终生守护着基督教信仰。
文禄侵朝战争开始后，有马晴信命令弟弟有马直政留守日野江城，自己率领2000人出阵。与小西行长、宗义智以及肥前的松浦镇信、大村喜前、五岛纯玄一起，作为第一军的成员，参与了攻击釜山等战役，到庆长3年（1598年）撤兵回国之前的6年间，一直在朝鲜作战。
庆长5年（1600年）关原之战爆发，松浦镇信邀请了肥前的大村喜前、有马晴信、五岛玄雅，聚集在神集岛讨论加入哪个阵营，虽然四人在之前的文禄庆长之役作为小西行长属下的第一军一起战斗，但是最终大家接受了大村喜前的意见，加入了支持德川家康的东军。有马军与加藤清正一起攻击小西行长的宇土城。有马晴信因眼病不能出阵，弟弟有马直政作为代理出阵。由于东军的胜利，有马氏在战后保全了领地，建立了日野江藩（又称岛原藩）。
诺萨·塞尼奥拉·达·格拉萨号事件
庆长13年10月（1608年11月）有马晴信派遣到占城国的朱印船越冬停靠澳门，船员在交易时与澳门市民发生争执而引起骚动，澳门的葡萄牙总司令安德烈·佩索亚发兵镇压，导致有马氏船员和家臣共48人被杀。
庆长14年（1610年）5月，佩索亚乘坐诺萨·塞尼奥拉·达·格拉萨号商船来到长崎，向长崎奉行长谷川藤广提交了关于澳门骚乱事件的调查书，并提出自己前往骏府向德川家康陈辩。担心事件会影响与葡萄牙贸易的长谷川藤广，隐瞒了澳门事件的真相，说服了佩索亚的书记员马特奥·雷坦作为代理人前往骏府。但是，在雷坦出发后，对日方商品优先购买权政策抱有不满的葡萄牙商人们为了改善交易关系和控诉长谷川藤广的商业政策，要求佩索亚直接前往骏府，最后在耶稣会教士的劝告下没有成行。但由于这件事，长谷川藤广藤广和佩索亚的关系恶化。因此，佩索亚命令雷坦交涉获得自由贸易权，但失败了，葡萄牙人也没能阻止荷兰人参与对日贸易。7月25日（8月24日），德川家康下达了禁止日本船停靠澳门的朱印状。
长谷川藤广教唆有马晴信对澳门事件进行报复，有马晴信向德川家康请求逮捕佩索亚和捕获葡萄牙商船，以及得到伽罗木贸易许可。伽罗木贸易许可原本是打算给与长谷川藤广的，德川家康担心报复行为会导致与葡萄牙的贸易断绝，后来考虑到可以和西班牙人、荷兰人贸易，同时希望开展伽罗木贸易，于是同意了有马晴信的申请。
幕府召唤佩索亚到骏府，但是担心自身安危的佩索亚拒绝了。葡萄牙人装载着货物开始准备出港。
12月12日（1610年1月6日），有马晴信领军到达长崎，在得到长谷川藤广的支援后，带领30艘兵船和1200人攻击达·格拉萨号。长谷川藤广的弟弟长谷川忠兵卫将两只小船并排组成井楼，登上达·格拉萨号，杀死了船主按针。12月15日（1月9日），在经过4天4夜的战斗后，葡萄牙船起火，佩索亚命令士兵在火药库放火，使船爆炸自沉。
由于这个事件，日本与葡萄牙的生丝贸易一度中断。之前受德川家康的信任的乔安·罗德里格斯神父，由于长谷川和长崎代官村山等安的中伤，于庆长15年（1610年）被驱逐到澳门，幕府失去了与葡萄牙商人在长崎贸易的中间人。
葡萄牙人为了重新开始贸易，于庆长16年（1611年）派遣葡萄牙舰队司令唐·努诺·索乌特和印度副王路易·罗伦索·德·塔沃拉作为使节，于6月19日登陆萨摩，在岛津氏的援助下到达骏府。7月1日谒见德川家康，在江户也谒见了将军德川秀忠，递交了印度副王和澳门市参事会的信函，就葡萄牙方面对澳门骚乱事件的措施进行了辩解，同时要求对达·格拉萨号爆炸沉没进行损害赔偿和罢免长谷川藤广的长崎奉行职务。幕府方面认为事件责任在比索亚，拒绝了葡萄牙人的要求，但允许与葡萄牙重新开始贸易，并给予了“买卖法度以下，如前规可无差异者也”的朱印状。
冈本大八事件
冈本大八乃是幕府重臣本多正纯的亲信，作为幕府方的代表，监督了有马晴信对葡萄牙人的报复行动。
有马晴信一直有恢复肥前有马氏三郡领地的夙愿。由于完成了对葡萄牙的报复以及达成伽罗木贸易，自恃功劳，想要向幕府申请恢复旧领。
另一方面，由于之前有马晴信得到了原本要给与长谷川藤广的伽罗木贸易许可，与长谷川藤广产生了不和。长谷川藤广为了强化幕府方面在南蛮贸易中的优先购买权，不是与和有马氏关系密切的耶稣会，而是同与耶稣会对立的多米尼加会加强了合作，更是引起有马晴信的不满。
冈本大八和有马晴信都是基督徒，于是欺骗有马晴信说主君德川家康要把藤津、杵岛、彼杵三郡赏赐给他，自己代表本多正纯来处理此事，有马晴信信以为真，给了冈本大八6000两用于运作。冈本大八伪造了德川家康的朱印状，骗取了有马晴信的钱财。一直等不到幕府正式任命的有马晴信亲自前往本多正纯处询问事情的进展，才发现被冈本大八骗了。
本多正纯在骏府质问冈本大八，但冈本大八拒绝认罪。同时，有马晴信行贿也有过错，但有马晴信的嫡男有马直纯娶了德川家康的养女国姬，不好定罪，于是报告德川家康处置。德川家康命令骏府町奉行彦坂光正进行调查，第二年庆长17年（1612年）2月，逮捕了冈本大八。经过严厉拷问，冈本大八承认了伪造朱印状，但告发有马晴信企图暗杀长谷川藤广。本多正纯把冈本大八送到江户与有马晴信在大久保长安的宅邸进行对质。有马晴信承认对长谷川藤广不满，但否则谋杀指控。
3月21日，冈本大八因伪造朱印状的罪名，在安倍河原被处以火刑。第二天，晴信有马也以为了恢复旧领玩弄策略和企图杀害长崎奉行的罪名被流放甲斐国，岛原藩4万石领地被没收。作为德川家康近侍的嫡男有马直纯，因为与父亲疏远的缘故，得以继承有马氏的家督和领地。有马晴信后来被命令切腹，但由于是天主教徒，拒绝自杀，于5月7日在流放地被家臣斩首，时年46岁。
江户时代、明治时代
庆长19年（1619年），有马直纯被加增转封日向国延冈藩5万3000石。传至第三代藩主有马清纯时，于元禄4年（1691年）因领地发生农民暴乱的责任，减封3000石，转封为越后国丝鱼川藩5万石，元禄8年（1695年）转封到越前国丸冈藩，之后一直在丸冈藩持续到废藩置县。
最后一任丸冈藩主有马道纯在明治2年（1869年）的版籍奉还中被任命为丸冈藩知事，被列为华族，到明治4年（1871年）的废藩置县为止担任藩知事。
明治17年（1884年）实行华族令，有马道纯作为旧小藩知事被叙任为子爵。
