公司经常使用微信、支付宝来收款所存在的风险
01、增值税的风险
微信、支付宝收款，这种收款方式存在两种风险：一是无法取得进项抵扣证明，二是有取得虚开发票的风险。
因为开具增值税专票时，需要填写票面信息以及银行账号信息，买卖双方若是通过微信交易，那么，卖方无法提供增值税专票，买方没有专票抵扣，就会导致公司增值税应纳税额增大。
如果通过微信收取货款，就有可能个人消费记录混淆，导致部分微信收付款收入没有申报增值税，存在偷税漏税的风险。
02、企业所得税的风险
企业所得税的风险一个是漏记收入，另一个是成本费用调增的风险。如果企业员工以个人的微信、支付宝支付款项，当时未取得合法有效的凭证，后期再想补凭证程序较繁琐，若没有取得合规的凭证，则所得税面临调增的风险。
03、个人所得税的风险
通过微信、支付宝给员工发放工资，存在漏报个税或刻意偷逃个税的风险。同时微信、支付宝发红包还要注意个税问题，应该区分不同的情形判断是否缴纳个税，以及如何缴纳个税。
04、公司管理的风险
采用微信、支付宝付款，在公司管理方面也存在风险。款项账面不透明、企业交易资金流不清晰、资金无法受到监管、企业内部管理财务混乱等情况都是不利于公司长久发展的。
05、股东对债务承担无限连带责任
公司如果长期使用股东的个人账户来收付款，很容易造成公司不分，如果企业出现资不抵债，股东要承担无限连带责任，用个人资产偿还公司债务。
个人收款码，不能用于经营收款
中国人民银行曾发布《中国人民银行关于加强支付受理终端及相关业务管理的通知》，对银行卡收单和条码支付终端做出相应管理要求。
1、限制个人收款码远程收款。
2、对于具有明显经营活动特征的个人，条码支付收款服务机构应当为其提供特约商户收款条码，并参照执行特约商户有关管理规定，不得通过个人收款条码为其提供经营活动相关收款服务。
3、收款条码要制定分类管理制度，区分个人和特约商户，有经营活动的划入特约商户范围。
综上，该文件一定程度上加强支付监管以及商户入网管理，很大程度能规避违法违规行为的产生。
企业涉及以下6种情况，更要注意
1、规模很小的企业，却经常有上千万元的流水；
2、资金转入转出有异常。比如，分批转入、集中转出，或者集中转入、分批转出；
3、经营范围或经营业务跟资金流向没有关联度；
4、公户短期频繁且大额给个人转账，或公户短期经常收到与业务无关的个人汇款；
5、频繁开销户，并在销户前有大量资金活动；
6、闲置很久的账户突然启用，并且有大量资金活动。
