按大清官制，总督原品正二品例加兵部尚书衔，巡抚原品从二品例加兵部侍郎衔，总督的品级始终略高于巡抚半品。不过总督与巡抚同为封疆大吏，两者互不隶属，且职能分工也不同，总督侧重军政，巡抚侧重民政。
但问题是，清代对督抚的分工一直很不明确，甚至可以说，整个文官系统中，就属督抚的关系最难理清。正因如此，督抚之间往往因职能重叠而造成事权不一的局面，有时还会产生矛盾。
总督由于级别略高始终压巡抚一头，正常情况下，巡抚不会公然与总督作对，表面上都要维持一团和气。当然，如果总督触碰了巡抚的底线，就会遭到反抗，甚至水火不容。那么，对于巡抚来说，有哪些底线是总督不能触碰的呢？
其一、天理国法与民族大义
总督作为一省或数省最高长官，负有守土安民之责，保证地方统治稳定是总督的第一要务。所以当辖区内有重大的民变或自然灾害发生时，总督必须以身作则亲为表率。
如果总督不作为，还时时事事设阻，以至于下属同僚们无从应对突发局面，那么这个时候巡抚就要站出来维持大局，并会上疏弹劾总督。
有一个例子就很典型，咸丰时期太平军两破江南大营，时任两江总督的何桂清坐镇常州指挥失当，他不仅没有调兵遣将予以应对，还不顾常州城内士绅百姓的反对，毅然决然要弃城北逃。
此举引起了常州民众的愤慨，数千百姓围住何桂清的住所不让他出门，何桂清也不妥协，居然让护卫亲兵开枪打死士绅百姓19人，最终领着家属随从逃至苏州。
何桂清作为两江三省的最高军政长官，原以为在自己的辖区内可以为所欲为。让他没想到的是，当他逃至苏州城外时，时任江苏巡抚的徐有壬拒绝开门，并火速上奏朝廷将其缉拿。最终何桂清受到朝廷的通缉，不得已逃往上海租界避难，同治初年慈禧掌权后，下旨将其正法。
何桂清的案例属于不顾天理国法和民族大义，江苏巡抚徐有壬的做法有理有据，也得到了朝廷的支持。从中也可以看出，总督若是犯了国法，巡抚就不会容情。
其二、越俎代庖管得太宽
前面已经讲过，总督偏重于军政，巡抚偏重于民政。这只是一个大概的说法，实际上清代的督抚都不是军、财权完全集于一身。只能说总督偏重军事，但财权不重；巡抚偏重于民政、刑法与财政，军事权力小。
这种尴尬的分工，导致了督抚职权不明，有时总督依仗自身的权势，就会过多地插手民政事务。这样的情况是十分常见的，特别是满洲亲贵担任总督，且巡抚又是汉人的时候，更容易造成督抚矛盾。
按照惯例，一省的民政财政皆有巡抚负责，只是在最终决策的时候巡抚和两司才会向总督通报知会，总督起到的作用也就是把把关、盖盖章而已，不会参与具体的细节事务。
此类情况也有一个案例，即咸丰时期湖广总督官文与湖北巡抚胡林翼，起初的时候官文自认是满族贵族，从没有将胡林翼放在眼中，凡是湖北的军政、行政、钱粮，他都要插手，搞得胡林翼这个巡抚几为虚设。
胡林翼想了一个办法，走了官文爱妾的路子，最后官文才逐渐放权。如果说官文一门心思和胡林翼作对，那么曾国藩的湘军就很难立足，太平天国运动能否顺利镇压也是一个大大的问号。
反过来想，胡林翼要是没有想到好的办法，那么肯定会与官文爆发正面冲突，最终的结果也很难预料，大概率是两败俱伤。
其三、推卸责任暗箭伤人
清代皇帝对地方督抚控驭有方，有意让督抚互相牵制，这也是督抚分工不明确根子上的原因。各省督抚都有专折密奏权，与皇帝都是单线联系，谁要是出了问题，就可以打小报告。
此外，清代地方的监察体系是督抚全权负责制，府州县官直接受巡抚的监督。而总督和巡抚作为最高的军政和行政长官，实行的互相监督制。朝廷有明文规定，若是总督有过失，巡抚不报要受到降级处罚，反之亦然。
然而在执行过程中也有问题，因为总督的地位毕竟高于巡抚，总督若是给巡抚穿小鞋或是参劾，会显得名正言顺得多，也少了不少顾忌。正因如此，有的总督因与巡抚不合，就经常在皇帝跟前说巡抚的坏话。
而巡抚因级别略低无法给总督穿小鞋，如果在皇帝面前说坏话，就有以下犯上的嫌疑，这也是官场上最大的忌讳。比如曾国荃任湖北巡抚时，就曾弹劾湖广总督官文，虽然弹劾的内容属实，但还是受到朝臣的指责，若非曾国藩从中周旋，曾国荃的后果将是十分严重的。
以上指的是常态化的情况下，如果总督自身不够硬，出了问题就往巡抚身上推，把自己撇的干干净净。那么这种情况下巡抚就不会坐以待毙，会联合属僚做出回应，甚至不惜将事情闹大，那怕是鱼死网破也在所不惜，大不了大家革职回家。
所以总督对巡抚多少也忌惮三分，不到迫不得已也不会撕破脸，总得原则就是，只要对方没有影响到自己的切身利益，哪怕工作上出现了矛盾，至少在场面上还会维持和气。
