清代中前期新疆与清后期至现代新疆对比图

清朝建立后与准噶尔部进行了长达百余年的争战。1755年，清朝攻灭准噶尔汗国，取得新疆天山以北地区管辖权。1757年，大小和卓在南疆发动叛乱，乾隆帝决意出兵予以平定，经过多次较量，清军于1759年平定此次叛乱，天山南北归于一统。1762年，清朝设伊犁将军府，总领天山南北军政事务。 伊犁将军为清朝新疆地区最高官职，伊犁将军统辖新疆南北两路（天山以北的准噶尔蒙古故地为“准部”，天山以南的叶尔羌国故地为“回部”），包括巴尔喀什湖以东、以南，额尔齐斯河上游，天山南北两路，以及楚河、塔拉斯河一带和帕米尔等地的军政事务。 鸦片战争后，沙皇俄国利用其地缘优势，在吞并中亚后，加紧了对我国新疆的侵略。 1864年，《中俄勘分西北界约记》签订，沙俄吞并了我国西北边疆44万平方千米的领土。1871年，沙俄侵占了我国伊犁地区。 1875年，左宗棠指挥清军收复新疆，用时一年半收复南疆，收复伊犁也提上日程。1881年，《中俄伊犁条约》签订，次年，伊犁正式回归祖国怀抱。至此，新疆重回清朝管理之下。收回新疆后，为了加强统治，清政府于光绪十年（1884年）正式设立新疆省。此后，内地与新疆的经济与文化联系日益紧密。