1949年10月24日夜间，金门战役打响，最终经过两天三夜的苦战，三野第一批登岛的三个团和后续增援的四个连大部英勇牺牲，余部被俘。解放战争期间，我军也遭遇过失利，但像金门战役这样三个团成建制覆灭的失利还是唯一一次。战后总结会议上，肖锋第一个发言，在做了自我检讨后，他也对兵团领导的决策提出了批评，言辞比较尖锐。
叶飞作为兵团司令，最主要的责任就是轻敌，表现在多个方面。金门战役之前，叶飞在一次宴会上曾用筷子指着桌上的一盘菜说，金门就是这盘中的一块肉，我想什么时候夹，就什么时候夹，跑不了。从这段话中不难看出，在叶飞看来，拿下金门就是手拿把掐的事情。
因此他把解放金门的任务交给了28军，28军的前身是华野第10纵队。解放战争中，10纵打阻击的能力在华野是独一档的，但很少执行攻坚任务。而且当时28军的指挥班子也不健全，军长、政委和参谋长都不在部队当中，军中只有副军长肖锋和政治部主任李曼村二人掌管全局。
部队不善攻坚，指挥班子又严重不全，在这种情况下，叶飞依然把解放金门的任务交给了28军，并对肖锋说：“看来大陆再也不会有什么大仗打了，你们二十八军就扫个尾吧。”当时金门守军是李良荣兵团，下辖第5军和第25军，总兵力2万多人。虽然这两支部队都在淮海战役中被我军重创，但在补充了大量的新兵之后仍然有一定的战斗力，绝非那种一触即溃的乌合之众。
如果是在陆地上作战，28军自然不惧李良荣兵团，也有能力将其消灭或击溃。但这次却是渡海作战，船队航行过程中会面临许多不确定的因素，而且重炮也无法随船过海，部队的攻击火力将会受到极大的影响。在这种情况下，叶飞依然认为拿下金门是手拿把攥的事情，并十分轻松地对肖锋说：“你们28军就扫个尾吧。”作为兵团司令，战前如此轻敌，已为失利埋下了隐患。
当时厦门刚解放不久，汤恩伯在败退之前不仅把厦门的船只烧毁了许多，还把市面上的粮食掳掠一空。十兵团解放厦门后，叶飞就把工作重心放在了解决市民吃饭的问题上，并把兵团司令部从同安转移到了厦门。对于即将发起的金门战役，他完全交给了肖锋去指挥。从作战命令下达到战役发起，十兵团没有召集过一次专门会议来研究金门战役，更没有应对突发情况的预案。
战后，叶飞在总结金门失利的教训时说道：“领导机关在战斗任务未完成之前，绝不能放弃领导和指挥上的责任或授权他人。战争未结束时其他事务必须服从战争，以战争为中心，不能轻易转移或分散这个中心。此次重厦轻金的表现之一，即将厦门市工作为主，以金门战役为次的主次颠倒。”
紧接着叶飞又说道：“操之过急，但求速效，不冷静考虑，只是向下交代任务，发布命令，在战斗上必遭失败，成功也是偶然的。厦门战斗曾开过三次会议讨论，从各方面估计分析，因而比较顺利。对金门战斗，兵团未专门召集会议讨论，故得此恶果。”从这两段话中不难看出，叶飞在战后已经意识到自己犯了轻敌的错误。
当然厦门的接管工作也十分重要，但这项工作完全可以交给兵团其他领导比如政治部主任刘培善来做。这样叶飞就可以从繁冗的地方事务中抽身出来，不论是坐镇前方指挥，或是居中协调为肖锋提供后勤支援和保障，都有可能改变金门战役的结局。但由于轻敌，叶飞下达完作战命令后就来到了厦门抓接管工作，将金门战役完全交给了肖锋负责。正如他在战后总结时所说的那样“犯了主次颠倒的错误。”
肖锋接受作战任务后，费了九牛二虎之力才找了300条船，一次只能运送三个团的部队，需要往返才能运送第二梯队。但叶飞认为李良荣兵团是经过我军多次打击的残兵败将，只要第一梯队三个团能上岛就必能站稳脚跟，然后船只返航再运送第二梯队，届时两个梯队合兵一处，就可以赢得战役的胜利。
当时28军有一个师在福州，肖锋手中只有两个师的兵力，为了稳妥起见，叶飞把29军85师253团和87师259团调归28军指挥参加金门战役，这两个团通归85师师长朱云谦指挥。24日傍晚，金门战役打响前数个小时，十兵团的情报部门确定了胡琏兵团增援金门的消息，并用电报通知了肖锋，当时估计登岛增援的国军为一个团，事后才知是5个团。
敌情变化了，还要不要按原定计划打呢？肖锋决定召集团以上干部开会研究。不少师团干部认为金门岛上的守军得到了增援，战斗前景难以预料。而28军只搜集到了300条船，一次只能运送三个团登陆。这样一来，谁也不敢确保胜算了。出于稳妥考虑，朱云谦给肖锋提了一个建议，让他向兵团请求推迟金门战役发起的时间，等敌情搞清楚了再决定。
肖锋面有难色，他之前已经多次向叶飞提出过推迟战役发起时间的建议，但都没有得到同意。想到这里他就对朱云谦说：“31军和你们29军解放了漳州、厦门，如果我们28军不按兵团要求及早拿下金门，不好说话呀！我不便向兵团提意见啦！”朱云谦说：“金门敌人兵力较大，按我军现在的装备情况，难以取胜。”
肖锋说：“敌人是残兵败将，军无斗志，我们是胜利之师，可以以质胜量。”朱云谦保留了自己的意见，会后，他决定去厦门找叶飞反映情况。朱云谦后来回忆说：“我在兵团司令部找到了叶飞同志，他当时正主持厦门军管会，工作千头万绪，办公室内人来人往，都是向他来报告情况和请示问题的。他简单地问了我几句话，就忙着去处理别的事情了。我感到自己插不上嘴，就向他告辞了。”
朱云谦少将
当时叶飞的工作的确非常繁忙，但手下师长从备战前线赶来，肯定是有非常重要的情况要反映。叶飞如果在此时能够意识到这一点，并抽出一些时间来听听朱云谦的建议，金门战役或许就不会打的这么仓促。但遗憾的是叶飞并没有给朱云谦机会，只随口问了几句就把他晾在一边了。
最终金门战役按时打响，第一批登岛的三个团在登岛后不久，船只就被敌机悉数炸毁。经过一天的苦战后，第一梯队付出了很大的伤亡代价，急需增援。但肖锋手中却没有船，兵团想尽办法从厦门调来了一条机动船和几条木船，并要求肖锋派246团团长孙云秀率部过海增援。
此时岛上守军的数量已经达到了三个军，十兵团调来的这几条船一次只能运送四个连的部队，单靠这点兵力，很难扭转战局。因此不少人不同意再派兵增援，而是建议用这几条船把第一梯队的伤员接回来，尽量减少损失。肖锋就此向兵团请示，叶飞很快回复：“只要有一些希望，就要派兵增援，坚决同胡琏兵团打到底！”
肖锋执行了叶飞的命令，让孙云秀率四个连登岛增援。叶飞作为兵团司令，久经战阵，不会不知道即便这四个连全部登岛也不可能扭转战局。但如果不增援的话，在感情上又说不过去。最终他意气用事，下达了坚决同胡琏打到底的命令。结果这四个连登岛后也全军覆没，增大了金门战役的伤亡。
战后，叶飞在向三野司令部检讨时写道：“造成此次金门作战惨痛损失的原因，主要是我们急躁，被之前的胜利冲昏了头脑，盲目乐观、轻敌所造成的。”叶飞的这个检讨说明了金门失利的根本原因，那就是轻敌和盲目乐观。我个人认为，作为兵团司令，叶飞应该为这场失利负主要责任。
肖锋在金门失利中的责任主要有两点。第一点是战前没有对金门的水文和潮汐情况进行仔细的了解。金门战役船只本来就不足，只能运送完第一梯队后再运送第二梯队，这就需要对航道和潮汐情况做到了然于胸。肖锋接受解放金门的战斗任务后，把主要精力都放在了找船上，忽视了对水文和潮汐情况的了解与掌握。
结果船只运送第一梯队的三个团登岛后遇上落潮，导致全部搁浅。天亮后，敌机赶来，将这300条船悉数炸毁。第一批登岛的部队因此陷入了孤立无援的不利境地。准备登岛的第二梯队由于无船可用，只能站在岸边干着急。
时任85师师长的朱云谦后来回忆说：“我们眼看着船只被敌机焚毁，第二梯队无船过海，内心的着急和痛苦非言语所能形容。古语说‘隔岸观火’，是事不关己袖手旁观的意思，而我们却是看在眼里，痛在心头，异常着急却又无计可施！这样的心情，是我参加革命以来从未经受过的。”
如果肖锋在战前能抽出一定的时间，多向当地有经验的老船工了解金门水域潮汐情况的话，可能就会避免船只搁浅情况的出现。同样是渡海作战，海南岛战役打响前，韩先楚就多次向当地有经验的老渔民了解风向和潮汐情况，最终下定了在季风期间发动海南岛战役的决心，这也是海南岛战役我军获胜的一个重要因素。对比后不难发现，在这方面，肖锋做的是比较欠缺的。
肖锋在金门失利中的第二个责任是在炮火配置上出现了不小的失误。第一梯队三个团登岛后，就向金门纵深穿插。敌军不善夜战，又不清楚我军登岛的到底有多少部队，因此我军在开战后取得了不小的优势，登岛的三个岛都击溃了当面之敌，向金门峰腰部的敌军阵地发起进攻。
不久后天光大亮，岛上守敌发现我军登岛的部队只有三个团且没有后援，随即在坦克和飞机的掩护下发起反扑。我登岛部队随即呼叫炮火支援，肖锋命令28军的炮兵立即射击，压制金门敌军的火力。但由于在炮火配置上出现了不小的失误，28军的炮火未能在金门战役中发挥应有的作用。
当时28军炮兵团使用的榴弹炮主要是美式M105毫米榴弹炮，最大射程11270米。炮团的山炮主要是美式M116型75毫米驮载山炮，有效射程7500米。为了能让榴弹炮和山炮都发挥作用，肖锋把射程远的榴弹炮配置在了大陆，射程近的山炮配置在了距金门更近的大嶝岛。结果不论榴弹炮还是山炮，都只能打到古宁头附近，根本打不到金门峰腰部的敌军阵地。
时任28军电台台长的姜从华后来回忆说：“肖副军长命令大嶝岛的炮群压制敌人的火力，但打不到纵深，起不到压制的作用，反而打到了自己的阵地上。”岛上的敌人从峰腰部阵地发起反击，28军的炮火却只能打到古宁头，不仅无法压制敌人的炮火，也无法拦截敌人步兵的冲击。
战后看来，这是一个不小的失误。如果战前准备工作充分一点，哪怕在沙盘上进行一次模拟攻击，都有可能避免这样的失误。战后看来，28军炮群正确的配置应该是舍弃射程近的山炮，把射程达到11270米的榴弹炮部署在大嶝岛，这样一来炮火就完全可以覆盖金门峰腰部的敌军阵地。
虽然这样做也不一定能改变金门战役的结果，但至少可以为攻击部队提供火力支援，最大化地杀伤敌人。金门失利后，肖锋和李曼村来到厦门的第10兵团司令部，见到叶飞就痛哭起来。叶飞说：“哭什么！哭解决不了问题，现在你们应该振作精神，鼓励士气，准备再攻金门。这次攻金失利，我身为兵团司令，由我负责。”
几天后，十兵团在厦门老虎洞召开扩大会议，叶飞在总结金门失利的教训时做了深刻的自我批评，表示承担战役失利的主要责任，并请求上级给予处分。1996年12月，叶飞在回忆金门战役时说道：“金门战役失利，肖锋是要负责任的。当时我承担了责任，保护了他。粟裕的‘三不打’指示根本没有”。接着他又详细解释说打金门的时候自己曾经交代肖锋，突破前沿登陆后，要巩固好滩头阵地，但肖锋没有执行。
叶飞接着说：“金门战役失利后如果我把这件事讲出来，他要受到军法惩处的，我当时保护了他。过了两三年之后，在28军召开的一次会议上我才讲了。有人问我当时为何不讲？我说，讲了他受得了吗？”在叶飞看来，自己主动承担责任，保护了肖锋，不然的话后果他承担不起。但金门战役，叶飞作为兵团司令，轻敌和过于乐观也是此战失利的重要原因。
