这里就先讲讲明代大臣上奏折的流程。
明代设立了通政使司，专门掌管大臣奏章、臣民密奏等事项。明代官员如果要给皇帝上奏章，要写两份，一份是正本，一份是副本。写完后要送到通政使司，通政使司将正本上呈给皇帝，副本送到六科（专门监察六部的部门），六科也会誊录一个副本，根据奏章中所奏事项，将副本转呈相关部们阅看，此时负责朝廷邸报的报房也要抄录一份备制作邸报用。
皇帝拿到奏章后就会阅看并批复意见，这是明太祖朱元璋的做法，后面明成祖朱棣因为政务繁多就设置了内阁，协助他处理奏章和政务。
到了明宣宗朱瞻基时期，朱瞻基开创性教太监读书，司礼监逐渐掌握实权，成为与内阁并驾齐驱的中枢机构。到了这个时候，官员上奏章的流程就出现了变化。
官员将奏章送到通政使司后，通政使司仍旧将副本送到六科阅览，同时将正本送到内阁，内阁辅臣阅览后要票拟处理意见，将票拟附在奏折上转呈司礼监，司礼监会上呈给皇帝亲自批阅，如果皇帝认为内阁的处置意见得当，就让司礼监秉笔太监批红。披红后的奏折就正式生效，就会下发相关部门去办理。皇帝如果觉得奏章不合心意，也可以留中不发，这个事情也就被皇帝压下了，但并不代表其他人不知道，通政司、六科、内阁的人都知道。
在这个制度下，皇帝身上的任务就会减轻，太祖皇帝的孝子贤孙们就不用像他老人家那么辛苦。
票拟权给了内阁，披红权给了司礼监，皇帝居中裁决，遇到明君这个三角形制度就很稳定，能发挥很大效力，遇到昏君或者弱君，这个制度只会催生权宦或者权臣。明朝爱出大太监，比如英宗时期的王振、武宗时期的刘瑾、熹宗时期的魏忠贤；明朝也爱出权臣，比如嘉靖时期的严嵩、隆庆时期的高拱、万历时期的张居正。出权臣还是出权宦就看内阁和司礼监谁的手段更高明。
现在回到正题，海瑞上《治安疏》，也要抄录两份，按照章程送到通政使司，通政使司看到这个大逆不道的奏章估计要吓得尿裤子，但还是要按章程办事，副本送六科，正本上呈内阁。内阁首辅徐阶看到海瑞这个奏章，虽不至于尿裤子但也是汗毛倒竖，但他还得按章程办事，这个奏章是骂嘉靖的，徐阶也不敢票拟什么，估计只会写个臣罪该万死等请罪的话。司礼监拿到这份奏章，也是吓得尿裤子，但没法子，按照章程办事，把奏章上呈给嘉靖，此时嘉靖终于看到了骂他的奏章，就气个半死。
看完奏章，嘉靖肯定想把奏章撕个粉碎，就当从来没有过，但它真实存在，很多人都看过，他想淹也淹不掉。还好，嘉靖没有失去理智，只是把海瑞关了起来，也没有从史书上抹掉这篇奏章。海瑞的治安疏就流传到了现在，成为天下第一疏。
《大明王朝1566》中，对这个事件进行了演绎，说海瑞是在群臣上贺表的时候以贺表名义上的这道奏疏，这是不对的。其实这道奏疏经很多人之手后才到了嘉靖手中。不过电视剧中嘉靖让群臣批驳海瑞这个剧情很有意思，真实的嘉靖肯定希望群臣站在他的一边批判海瑞，但事实上群臣都站在海瑞一边，真正“无父无君、弃国弃家”的人其实是嘉靖。
