关于捻军的分军，史学界历来着重讨论的，是分为最终东、西捻军的河南中牟分军。史学界虽然重视中牟分军，但对之前的一年多的时间里捻军的频繁分合却采取忽视的态度，这样未免割裂了历史。其实，中牟分军不过是历次分军的继续，而且此后再也未能会合。
史料记载，捻军的几次分军，常常是捻军首领之间矛盾和意见不一致的结果。
雉河集解围后，捻军之所以分股行动，亦夹杂了矛盾的因素，“涡阳围解，张宗禹装旗于王家注，五孩与任化邦不协，遂分道入豫”。
清军也都曾根据各种情报，一再谈及捻军首领之间的矛盾以及分军的原因。
如曾国藩说：“东西两股向来不协”，“任、张本不和”，“而其彼此猜忌，心力难齐”。李鸿章说：“闻该两逆衅怨已深，势难久合。”刘铭传说：“现张、赖二贼不合，分成两势”。刘长佑说：中牟分军是“赖文光、任柱股匪因与张逆不睦，仍折而东”。
他们都指出捻军首领们的矛盾发生在张宗禹与任之间、稽之后期捻军的历次分军的史实——都是一分为二，直至最后分为东、西捻军，始终是以张宗禹为一支，任柱、赖文光为另一支，证实了曾、李等人的说法。
史实表明，捻军自高楼寨战役后的频繁分军，主要是由首领之间的矛盾所致，这些矛盾发生在张宗禹和任柱、赖文光之间，所以每次分军都是他们之间的分裂。
西捻军为何西进？
赖文光自称，中牟分军是他为改变“独立难支，孤立难久”的困境，“特命张宗禹……前进甘陕，往联回众，以为犄角之势”。
史学界据此立论，以为西捻军不过是赖文光派遣的一支偏师，目的在于“往联回众”，构成东西军事犄角，与清朝争夺北方中国。但是，赖文光这一说法，颇值得怀疑。第一，到目前为止，没有任何史料重复或证明这一说法，第二，细察当时战局，西捻军进入并停留于陕西，不像是主动的和有目的的战略行动。
10月下旬，西捻军离开河南许州向西运动，淮军杨鼎勋、刘秉璋两部在背后取道新郑、汜鞏一路追剿，鲍超一军则由湖北裕州北上迎剿，以阻止西捻军南下湖北，刘松山部则由河南汝州西上堵截。
这样，位于豫西的西捻军面临由东、南、东北三个方向压逼而来的湘淮军的追剿。张宗禹被迫继续西行，以摆脱追军，在行进途中，西捻军曾屡次试图北渡黄河，如11月初，西捻军西撤至陕州时，在陕州西北太阳渡等外连续数日抢渡黄河，均被防河清军及水师炮船击退，只得继续“由灵宝一带向西窜逸”。在途经灵宝时，又试图在永乐镇一带抢渡黄河，“经防军开炮隔河轰击，贼见官兵防守甚严，渐向西路遁去”。此时，鲍超、刘秉璋、杨鼎照纷纷追至陕州，堵住西捻军南下湖北和回军东下的去路，只西面“潼关、商洛等处并无重兵扼守”，“贼知追兵将至，遂绕道潼关以南，闯入陕西之商州一带”。
从这段战程可以看出，西捻军入陕，乃是因南下，东返之路被堵，北渡黄河不成，而为摆脱追军的避实就虚之行，并不是赖文光所说的具有既定战略目的的运动。
西捻军入陕后，清朝各方奏报均称他们不会在陕久留，不久将“自陕窜出”。
如果说，鲍超、曾国藩因不愿率军入陕而虚捏情报。那么，河南巡抚李鹤年决不负率军入陕剿捻之责，督办陕西军务的刘蓉更是责任重大，他巴不得援军立即入陕，“驱贼出境”，所以不会妄报这一对自已极为不利的消息。
再从不久以后，东捻军于12月初由山东直扑湖北的行动来看，上述西捻军“恐仍回窜湖北”的情报绝非虚言，刘铭传曾归纳捻军的活动规律是：“每于冬春之际，豫无所掠则入鄂，秋夏之际，鄂无所掠则入豫”。但是，西捻军入陕后，身后的湘淮军主力纷纷以气候不利，后勤困难以及西捻军将由陕西回窜为理由，没有紧随追入。只是驻扎在河南、陕西边界沿线一带。
湘军刘松山部在次年2月才入陕，这就暂时造成了一个对西捻军“围而不追”的格局，而且，当时陕西清军力量薄弱，既要防回又要防捻，无法对西捻军进行追剿，这对长年奔战，以“避兵”为生的捻军来说，是一个难得的休息机会，自然就暂驻陕西休整，不思“窜出”了。
此外，虽然陕西比较贫瘠，但直到次年夏季左宗棠率大军入陕，西捻军一直活动在农业发达，相对富庶的渭河平原地区，这一带又“尚多完善地方”。因此，西捻军的“就食”问题是不难解决的。
西捻军进入陕西后，被清军追剿，退至甘肃的回民军也乘机回到渭河平原。这样，西捻军和回民军既活动在同一地区，各自的敌人又是共同的。这就必然在行动上发生一些合作的关系（尽管也不乏相互间的仇杀），如回民军卖给西捻军军火，有时为西捻军作向导，以及战场上一些缺乏战略预谋的偶然相互配合等等。但是这些并不能证实西捻军就是为了“往联回众”而入陕，也不能证实西捻军主动和回民起义军结成了军事、政治联盟。
史实表明，西捻军在西北时没有联合回民起义军建立根据地，离开时也没有联合回民起义军一同东渡黄河。捻军进军陕西是具有战略目的结论，是失之不够全面与缜密的。
综上所述，捻军的中牟分军和以前的多次分军一样，主要是捻军首领之间矛盾和分裂的结果。西捻军进入、停留陕西只是摆脱追军和清军暂时“围而不追”的“避兵”之举，并非主动的和有目的的战略行动。
中牟分军的得失
在客观上，对捻军来说，一定条件下的分军无疑是有利的。这已为一年多的分军所证明。在当时湘淮各军齐赴剿捻战场的形势下，它迫使清军亦分军追剿，以致其本来就不足的兵力更加零散。
捻军分军，尤其是分别转战于清军防线两侧，曾、李等人企图利用自然地形圈制捻军的战略就无法实施。
曾国藩在初议沙、贾河防线时，就是等捻军全部进入沙、贾河以西、以南地区时，才正式实施的。
捻军活动范围图
在一年多的时间里，捻军时分时合，充分发挥“善走”特点，在曾国藩圈定的重点设防的广大区域内外往返穿插，运动如梭，时而疾驶千里之外甩开追击的清军，避免决战；时而盘旋于百里之内，如蚁旋磨，忽左忽右，以打圈战术疲敌，“偶战则凶悍甚”。
但是，由于捻军分军往往是无目的，无计划的分裂行为，并且缺乏相互间的联系和配合，所以很容易陷入被清军分割包围，各个歼灭的绝境。中牟分军终于导致了这一悲惨的结局，而成为后期捻军覆亡的转折点。
中牟分军前后，捻军面临的清军越来越多，左宗棠在剿灭了南方太平军余部后，正率其所部北上，已在战场上的湘淮军也不断扩充兵力，增加骑兵和改善装备。刚刚受命继任曾国藩的李鸿章上台后，在曾国藩“以静制动，圈制捻军”战略思想的基础上，提出了更加积极、主动的“觅地兜围”、“轭地兜剿”、“弃地以诱其入”等攻剿战略。
捻军起义示意图
但是，中牟分军只是捻军首领之间矛盾斗争导致的可悲的分裂，而非深思熟虑的战略决策。这一无目的、无计划分裂，使东西捻军分别流窜，各奔一方，各自为战，以至“老死不相往来”，它对各军没有起到任何积极的作用，既没有改变分军前所渭“独立难支，孤军难久”的形势，反而使其陷于两军相隔遥远，音讯隔绝，力量更加孤散的绝境。
这样，在清朝“扼地兜剿”和集中优势兵力的战略下，先是东捻军被迫独自对付原先整个捻军共同承担的强敌，以至覆亡，随后，西捻军亦遭到同样的结局。清朝难以一口吞下的“馒头”，捻军首领们竟自己把它分成两半，让清军分别吞噬。
