根本区别是黄巢、李自成是流贼，刘邦、朱元璋是割据军阀。
看看黄巢的经历，从山东起家，然后就转战大江南北，先往南，经江苏浙江福建进入广东，然后再往北，经广西湖南湖北，转战江西安徽，挥军河南攻陷东都洛阳，过潼关，攻陷唐都城长安，登基称帝，再之后被唐军从长安赶跑，最终死在山东。
自始至终，黄巢都没有一个稳定的基地，走到哪抢到哪，一路烧杀抢掠，这种流贼创业团体，很难抓，但也很难长久。
李自成和黄巢差不多，李自成自起义以来，也是转战多地，陕西、甘肃、河南、山西、湖北、江苏、四川、河北，李自成都去过，但从来没有选定一个地方当做基地认真经营。当他打下西安称王后，应当把陕西当做大本营，恢复生产，纳税征兵，作为核心基地来运营。可他没待多久就东进打进了北京，入主北京除了抢抢皇宫和北京大户，实在没什么好处。
北边有清军虎视眈眈要入关南下，南边的南明苦大仇深的要北伐复国，李自成夹在中间两头受气，仅八个月就灰头土脸的往西跑。但是西安也呆不长久，最后被赶到湖北一个小地方被一个无名小卒杀死。
黄巢和李自成之所以是流贼，也是因为当时唐朝和明朝政权仍旧存在，军事机器尚存，能够组织军队进行平叛，这两个起义领袖被追的到处窜，也是被逼无奈。
反观朱元璋和刘邦，他们所处的时代和黄巢李自成有很大的差异，秦朝和元朝的军事体系已经被打垮，正进入军阀割据的时代。
刘邦占据关中后，以此为基地，扩张自己的势力范围。关中平原沃野千里，是重要的粮食产地，人口也比较密集，有了这块宝地，刘邦要人有人要粮有粮，称雄天下就有了资本。
朱元璋走的也是刘邦的路子，占据南京后，以南京为基地，听从朱升的谏言，“高筑墙，广积粮，缓称王”，慢慢积蓄力量。南京坐落在长江边上，周边土地肥沃，人口密集，是繁华富庶之地。朱元璋以南京为基地，慢慢扩大自己的势力范围。
刘邦和朱元璋所处的时代，一开始他们都不是最强大的割据势力，但他们通过占有的土地和人口，慢慢扩张，最终战胜群雄，成为唯一主宰。
这就是割据军阀和流贼的根本区别。
