莫斯科歌剧院劫持人质事件是长期策划、精心组织、内外呼应的一次恐怖活动。恐怖分子在莫斯科的地下组织预先通过关系，在郊外靠近机场的一个偏僻地方租用了一栋民房作为秘密储存武器的仓库。到事发前，恐怖分子已经在这栋民房里存放了数十种枪支和近两吨爆炸物。行动前三个星期，恐怖分子开始按计划陆续离开车臣，通过化装成老百姓合法出境、偷越封锁线、绕道国外等方式进入莫斯科，一到莫斯科即得到车臣地下组织的接应，迅速“消失”在茫茫人海中。
当时在莫斯科生活着十多万车臣人，主要以经商为主，控制着当地一些大集市。由于各种原因，在莫斯科的车臣人形成了一个很大程度上由犯罪团伙控制的封闭小社会。这个小社会组织严密、纪律森严，主导其运转的是车臣传统的宗法制度而不是俄罗斯法律。尽管它长期存在于莫斯科，但安全部门却渗透不进去，对其知之甚少。来到莫斯科的恐怖分子一进入这个小社会就如老鼠进了洞，安全部门很难掌握其踪影。
发生人质危机的剧院位于莫斯科市东南区的梅利尼大街7号，原是一个轴承厂的歌剧院，翻修后，改建为一座可容纳1400名观众的大型剧场。恐怖分子之所以将目标选择在这里，是经过精心考虑的。一是剧院位置有利。剧院距克里姆林宫只有4.5公里，但却坐落在相对偏僻的工厂区，安全警卫松懈。二是常有外国人光顾。恐怖分子认为，只有绑架较多外国人质，才能引起国际社会更多关注，从而为外部势力干涉车臣事务创造条件。三是该剧院上座率高，观众较多。该剧院是莫斯科东南部最现代最好最舒适的剧院，除了剧场大厅外，剧院里还有舞厅、歌厅、带有歌舞表演的餐厅和脱衣舞表演厅。为吸引顾客，剧院还采取了赠票等一系列优惠措施。四是该剧院里有恐怖分子的秘密窝点。为了便于事先了解地形，恐怖分子秘密混入剧院，为制造恐怖事件创造有利条件。
2002年夏季，一个名叫鲁斯兰的车臣商人找到剧院管理部门，高价租下剧院地下室的一部分，开设了一家名叫“中央车站二号”的夜总会。装修时，鲁斯兰以了解剧院结构为由，索要了整个剧院的设计图纸，使恐怖分子得以详细了解该剧院的建筑结构，为其策划劫持事件、安放爆炸物提供了依据。鲁斯兰还在剧院入口处开了一个小酒吧，酒吧是观察人员出入及剧院保安活动的最佳位置。
到10月23日，恐怖分子一切准备就绪。当晚21点（北京时间24日凌晨1点），40余名车臣恐怖分子，携带各种枪支和爆炸物，分乘4辆汽车来到剧院，并迅速冲入剧院，按事先部署控制了剧院的各个关键位置。当时剧院内正在上演一部关于飞行员生活的戏剧《东北风》，第三幕刚刚开始。几名身着迷彩服、手持武器的蒙面人冲上舞台，将不知所措的演员推到一边并向空中鸣枪，随即劫持了剧院内的观众、演员近千人，其中有60多名外国人。恐怖分子出现后，一些机灵的观众和演员趁乱跑出剧院。稍后，恐怖分子为了向公众表示其“善意”，又释放了十几名儿童和妇女，当晚共有150余人脱险，但被扣在剧院中的人质仍有800多人。
现场有观众使用手机报警，治安警察和特警分队接到报警后迅即赶到剧院，并与恐怖分子发生交火。恐怖分子喊道：“我们身上绑着炸药，还在楼里布设了炸药，如果你们不停止攻击，我们就炸毁剧院，跟人质同归于尽！”警察感到事态严重，于是停止进攻，向上级报告情况，要求支援。
事件发生后，车臣恐怖组织立即在网站上发表了声明，卡塔尔“半岛”电视台也很快播放了恐怖分子事先录制的录像带，声称此次行动唯一的目的是要求俄政府从车臣撤军。恐怖分子还威胁称，若其政治要求在7日内得不到满足，就将炸毁剧院，与人质同归于尽。随后，又将7天的期限改为3天。
24～25日白天，恐怖分子同意医生为伤病者提供治疗，甚至允许个别记者携带摄影设备进入剧院拍摄人质的状况。据访问者说，恐怖分子们对人质总的来说还算文明，基本没有打骂人质的现象。一名获救的人质说，恐怖分子们“没有喝酒，更没有打骂人质，他们很守纪律”。众人可以获得水和食物，甚至可以小声聊天，听收音机，但不能随便走动。为了防止人质逃跑，恐怖分子禁止人质使用剧院大厅外的厕所，要方便只能到舞台前的乐池里，因此大厅里空气污浊不堪。恐怖分子们喋喋不休地向人质们展开“政治攻势”，宣讲车臣人民独立事业的“正义性”，他们还鼓励人质们使用手机同自已的亲人通话，以便说服这些亲属们到政府那里去请愿，要求政府接受恐怖分子的条件。
25日，恐怖分子态度趋于强硬，声称除非把俄罗斯政府承认的车臣最高行政长官卡德罗夫交出来，否则再也不会释放人质。25日白天，因报道车臣战争而获得车臣好感的女记者波利特夫卡娅在与恐怖分子交谈近两个小时后称，恐怖分子们要求普京本人提供打算撤军的证据，否则就将采取最为严厉的措施。25日下午，俄政府谈判代表报告说，恐怖分子发出威胁，如果当晚10点不满足俄军撤离车臣的要求，就开始对人质下手。下午4点45分，联邦安全总局局长帕特鲁舍夫宣布，只要释放人质，俄政府保证提供一切交通工具并满足其他条件，让所有恐怖分子前往第三国避难，免于刑事起诉，保障其生命安全。当晚8点，在恐怖分子规定的最后期限前两个小时，普京总统在此发表电视讲话，表示愿意与恐怖分子进行谈判，但必须释放人质。同时，普京还指示指挥中心，无论恐怖分子要求与何人谈判，指挥中心都要满足其要求。
26日凌晨2点左右，恐怖分子杀害两名人质，引起人质恐惧和躁动。鉴于恐怖分子随时有可能大规模屠杀人质，俄高层在关键时刻下定立即进行武力营救的决心。发起突击的时机是指挥中心精心选定的。选定这一时间考虑到了恐怖分子企图26日杀害人质、恐怖分子身体和心理状态、营救部队准备情况等诸多因素。恐怖分子们连续几天几夜处于高度紧张状态，多数恐怖分子根本没有睡觉，到26日凌晨已十分疲惫，当时估计俄方不敢贸然发起攻击，危机还将持续相当时间，因此警惕松懈。参战各部门经过两天紧张的筹划、实战训练和部署，各项准备已经就绪，拟施放的特殊气体也已到位。26日凌晨5点，“阿尔法”反恐作战行动小组开始施放特殊气体——芬太尼衍生物制剂（是一种强效的类鸦片止痛剂，起效迅速而作用时间极短）。潜伏小组共施放过两次气体，第一次施放后，潜伏小组发现未起作用，遂补充施放。后来发现，施放的剂量超过正常剂量的5倍。战斗打响时剧院大厅内的恐怖分子已经中毒丧失了行动能力。特种部队冲进大厅后，直接抵近射击那些昏迷的恐怖分子，然后卸下其身上绑着的炸药。几个守在走廊里放哨的恐怖分子向从正面进攻的俄军投掷手榴弹，并向从里面跑出来的人质开火，但被特战队员迅猛准确的火力消灭。此外，俄军在恐怖分子指挥部墙外埋伏了一个突击组，当战斗打响时，正在饮酒作乐的巴拉耶夫及其同伙还未意识到发生了什么事情即被破窗、破墙突人的特战队员以迅猛、准确的火力击毙，巴拉耶夫甚至没来得及放下手中的酒瓶。26日内务部公布，参加营救行动的各部队无一牺牲；40余名恐怖分子被击毙，3人被俘；人质当时有67人死亡，750人被救。28日又宣布，死亡人质增至118人。
俄罗斯政府向每个遇难者家属支付了10万卢布（约3,150美元），幸存者则获得5万卢布。有38位幸存者向莫斯科市政府提起诉讼，索赔额约合3,920万美元。
2002年12月24日，莫斯科一家法庭举行听证会，开始审理数十名莫斯科人质危机幸存者向莫斯科市政府索赔一案。美联社报道说，原告索赔金额总计接近4000万美元，数额之高在俄罗斯闻所未闻。
此次劫持人质事件是车臣非法武装一手策划的，直接指挥此次劫持活动的恐怖分子头目名叫莫夫萨尔·巴拉耶夫，年仅25岁，是2001年6月被击毙的车臣非法武装头目阿尔比·巴拉耶夫的侄子。阿尔比·巴拉耶夫生前是车臣非法武装的第四号头目，曾任车臣非法武装“国民卫队”参谋长、“第29自杀突击师”师长。阿尔比在非法武装中以凶狠残忍著称，生前曾策划过多起绑架事件，并亲手杀死了170余名俄军官兵和车臣合法政府的官员。巴拉耶夫一家在车臣是一个大家族，控制着当地的石油走私活动。在阿尔比·巴拉耶夫担任家族大族长期间，家族事业达到了顶峰，不仅从事走私，还兼营贩毒、绑票之类。那时候，刚20岁出头的莫夫萨尔·巴拉耶夫就已经是叔叔最主要的帮手了。1998年10月，巴拉耶夫叔侄绑架了在车臣维修电信设备的4名工程师，向英国勒索1000万美元的赎金。后来“基地”组织得知了这个消息，愿出3000万美元买这4个人的人头，于是莫夫萨尔·巴拉耶夫亲手将这4人的头颅砍下。
阿尔比·巴拉耶夫被俄军击毙后，莫夫萨尔·巴拉耶夫发誓要为叔叔报仇，于是车臣“总统”马斯哈多夫封其为“伊斯兰特种战团”团长，接管了巴拉耶夫家族。莫夫萨尔·巴拉耶夫在其队伍中组织了一支由寡妇组成的敢死队。这些寡妇们的丈夫生前都是车臣非法武装的成员，在战斗中被俄军击毙，所以寡妇们对俄罗斯政府、俄罗斯军队及俄罗斯的一切都怀有刻骨仇恨，她们在接受了射击、刺杀、爆炸技术训练后，在战斗中敢拼敢杀，个个都算得上是亡命之徒，成为莫夫萨尔·巴拉耶夫团队战斗力的中坚力量。此次参与莫斯科劫持事件的恐怖分子中就有18名寡妇敢死队员。这些寡妇身披黑纱，腰捆炸药，混在人质中间做“人体炸弹”，成为俄强力部门在制订计划时最头痛、最难对付的一伙人。
