1937年11月，陈云与王明、康生一同乘飞机到达延安，陈云到延安后，很快就受到了毛泽东的信任，出任中央组织部部长。
陈云
在延安时期，共产党急需扩大自己的干部队伍，以适应领导抗日战争的需要，所以陈云在担任中央组织部部长期间，特别重视干部工作。陈云曾说：
我们共产党是干大事业的，干大事业，就要有大气量。过去，孙中山是干大事的，他的气量就很大，什么青帮、红帮，三教九流，他都要。我们共产党的气量要比孙中山还要大，这才能广泛地吸引人才到共产党内来，扩大共产党的队伍。
1938年秋天，已经担任中央社会部部长的康生给中央组织部发了一个文件，说前方有两个青年干部丁秀、刘志兰是“托派分子”，要中央组织部调她们回延安接受审查。陈云收到这封文件后非常重视，马上发函让丁秀和刘志兰回到延安。
丁秀和刘志兰回到延安后，陈云找她们谈话说：“你们知道调你们回延安是干什么吗？”
陈云和李富春
丁秀高兴地回答说：“应该是组织让我们回延安来学习的吧？”
陈云摇摇头说：“不是，是因为有人揭发说你们是‘托派’，有一个还是“托派”的骨干分子，调你们来延安，是让你们来接受审查的。”
丁秀和刘志兰听后大惊，随后就大哭起来，她们一边哭一边申诉，说自己不是“托派”。此时陈云笑着说：“不要哭，要相信党组织，也要相信我。我保证替你们查清楚问题。”
随后陈云让中央组织部的工作人员安排丁秀和刘志兰在招待所住了下来，好好招待她们，同时陈云派出许多干部加紧调查，仅仅两个星期后，事实就调查清楚了：丁秀和刘志兰根本不是“托派”。
丁秀和刘志兰没有想到事情这么快就查清楚了，她们对陈云非常感激，陈云却说：“你们应该感激党组织。”
此后陈云又安排丁秀和刘志兰留在延安学习，她们学习结束后，重返工作岗位。多年以后，丁秀和刘志兰回忆起此事时，感慨地说：“要不是陈云同志亲自审查，我们落在康生手里，一辈子就完了！”
延安时期，康生除了担任中央社会部部长外，还兼任中央党校校长，他的妻子曹轶欧也在中央党校负责干部工作。康生和曹轶欧一贯带着极“左”的眼镜看干部，对干部最为挑剔，经常找各种借口整人。
当时中央组织部经常介绍干部去中央党校学习，但每次介绍过去的干部都要被曹轶欧退回来一些，退回来的理由都是他们家庭出身不好，社会关系复杂。陈云得知这一情况以后，一边做这些被退回来的干部的工作，一边让人去找曹轶欧交涉。但曹轶欧自恃有康生支持，根本不买陈云的账，后面仍然经常把中央组织部介绍过去的干部给退回来。
曹轶欧
陈云见多次交涉无用，终于生气了，他决定把曹轶欧退回来的干部派到延安其他学校去学习，并派人转告曹轶欧：
是不是好党员、好干部，决定于干部本身，不是决定于家庭出身。你曹轶欧的家庭关系也不简单，你在上海大学读书时，社会关系也复杂，你能否定自己吗？经过中央组织部慎重研究决定，介绍到中央党校学习的干部，你们不接收，是不正常的现象。
曹轶欧听了陈云的话后，自知理亏，再也不敢随便找借口退干部了。但陈云也因此而得罪了康生。
1966年8月1日，中共中央召开了八届十一中全会，此次全会改选了中央领导机构，虽然陈云仍然当选为中央政治局常委，但他的排名被排在11位常委里的最后一位，他的中央副主席的职务也不再被提及了。
陈云
八届十一中全会结束后的第二天，中央接着召开了工作会议，在此次会议上，康生跳出来攻击陈云说：“陈云同志的思想也是长期与主席对立的。他以经济专家自居，自以为他的经济学在主席之上。看看他1962年的报告，就懂得他的经济学是什么货色。他只讲经济，不讲政治，他讲的经济政策，据我看，只是资本主义的商人经济而已。”
面对康生的攻击，陈云表现得很冷静，他没有反驳，也没有讲其他的话。
1975年12月16日，康生病卒于北京，这个老滑头，在死后居然骗得了3顶金光璀璨的桂冠：“无产阶级革命家”、“马克思主义理论家”、“光荣的反修战士”。
康生
1978年11月，中央召开工作会议，陈云在会上说：
“运动”初期，康生同志是中央文革的顾问，康生同志那时随便点名，对在中央各部和全国各地造成党政机关瘫痪状态是负有重大责任的。康生同志的错误是很严重的，中央应该在适当的会议上对康生同志的错误给以应有的批评。
在陈云的准确评判下，中纪委认真调查了康生的问题。1980年10月16日，中共中央宣布康生是林彪、江青反革命集团的主犯，开除康生的党籍，撤销了他的追悼会悼词，把他的骨灰撤出了八宝山革命公墓。
