唐高祖李渊武德九年六月初四，李世民发动玄武门之变，杀掉了大哥李建成、四弟李元吉和十个亲侄子，瓦岗英雄们在这场骨肉相残悲剧中分成了三派：太子洗马魏征自然是全力支持李建成，已经被李渊赐姓并改名为李世勣的徐懋功保持中立，张亮坚定地站在李世民一边，程咬金在事变前曾劝说李世民早做打算，但他却没有出现在玄武门战场。
秦琼有没有参加玄武门之变？《旧唐书》和《新唐书》都给出了肯定的答案，但这两部史书中的答案又出现了矛盾，我们仅以《旧唐书》为例，就能找出问题。
《旧唐书·卷二·本纪第二·太宗上》记载：“九年，皇太子建成、齐王元吉谋害太宗。六月四日，太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。”
《旧唐书·卷六十五·列传第十五》则是另外一种说法：“（长孙）无忌与尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等九人，入玄武门讨建成、元吉，平之。”
据说唐初的宫廷档案（比如高祖实录）是被唐太宗李世民修改过的，而后世修史，本纪一半来自宫廷档案，列传可能就要参考文臣武将的个人笔记和墓志铭等其他资料了——唐朝笔记很流行，一些史官私下里也会记载一些事情但不会写入正史。
我们细看两唐书，就会发现秦琼的官爵也是有问题的。正史说秦琼在玄武门之变后才受封左武卫大将军，玄武门之变前不过是秦王府的“右三统军”，这就不对了：秦琼在唐高祖李渊武德三年和四年，就已经受封上柱国、翼国公，这样高的勋位和爵位，怎么会是秦王李世民的家将？
熟读唐史的读者诸君当然知道，秦王世民、齐王元吉都被其父李渊许可拥有一批私兵家将：“秦王、齐王府置左右六护军府、左右亲军府、左右帐内府。左一、右一护军府，护军各一人，副护军各二人，长史、录事参军事，仓曹、兵曹、铠曹参军事，各一人，统军各五人，别将各一人。”
按照史书职官介绍规矩，秦琼这个身兼上柱国、翼国公勋爵的“统军”，地位还不如连男爵都不是的秦王府左二副护军尉迟敬德，李渊一向敬重秦琼，怎么会只给他这么小一个非正式官职？
我们再详细看一下两唐书，就又发现了新问题——按照这两本史书的记载，秦琼功劳越来越大，官职却越来越小了，而其他瓦岗旧将如王伯当，则早在武德元年就被李渊封为了左武卫将军。
综合分析史料，我们似乎可以确定，包括秦琼的左武卫大将军在内，秦琼的一切官爵都是李渊封赠的，史书之所以把情义记在李世民头上，无疑是想说秦琼在玄武门之变中是支持李世民的。
在两唐书中，只要真正支持李世民的，在其列传中都会大书特书，比如同为瓦岗旧将的张亮，其列传就用了大量篇幅讲述其在玄武门之变前后的表现及所受封赏：“太宗以洛州形胜之地，一朝有变，将出保之。遣亮之洛阳，统左右王保等千余人，阴引山东豪杰以俟变，多出金帛，恣其所用。元吉告亮欲图不轨，坐是属吏（因此被交给有司衙门审理），亮卒无所言（打死也不招）。事释，遣还洛阳。及建成死，授怀州总管，封长平郡公。”
张亮在瓦岗军就算不得好人，他就是因为打小报告而受到李密重用，并当上了瓦岗骠骑将军，但仍归徐懋功（徐世勣）指挥。
张亮在贞观二十年以谋反罪被杀，就是这样一个“反贼”，参与玄武门之变尚且大书特书，如果当时的“天下第一高手”秦琼也在玄武门大杀四方，史书还不得写上千八百字？
两唐书对秦琼有没有参加玄武门之变只是一笔带过，而且出现了自相矛盾的记载，所以我们只能从其他史料和笔记中去探寻真相。
与《隋唐演义》和《说唐全传》不同，《隋史遗文》的描述，可以看做是替秦琼辩诬：在玄武门之变前，秦琼就已经表明了立场——他两不相帮，只能称病在家，眼不见心不烦。
两唐书都记载了秦琼“忽然卧床不起”，却没说“患病”的时间，《隋史遗文》却道出了前因后果：“叔宝做人极乖，他见势头两边必不相容，却又道：‘疏不间亲，他兄弟之间不能调和，怎为他挑斗？’只常托病道：‘我数年间战争，身上血也流去二三斗，怎得不病？’所以建成不去忌他，把程知节升做康州刺史，段志玄定州刺史，房玄龄、杜如晦都调外任，要去他心腹。”
李建成确实没有理由去忌恨秦琼，因为当时谁都清楚，秦琼真正忠于的是李渊或整个大唐，而不是李渊的某个儿子。
秦琼的深明大义，其最初的长官来护儿十分清楚：“是子才而武，志节完整，岂久处卑贱邪？”
秦琼不蹚玄武门浑水，可能还有另外一个重要原因：他爵封翼国公，勋授上柱国，已经到达了异姓武将的巅峰，即使再立新功，李世民也赏无可赏封无可封，而赐姓封王，秦琼也未必愿意——虽然赐姓李当时很风光，但却可能对不起九泉之下的列祖列宗。
功臣赏无可赏封无可封，就会陷入危险境地：要么辞官归隐，要么抄家灭门。
秦琼选择了大隐隐于朝：挂着从一品国公金印，拿着上柱国勋位永业田，朝廷还按规矩给他的家仆侍卫发薪水，但是秦琼既不上班也不离京，就在李世民眼皮底下“养病”，你好我好大家好，谁也不用猜忌防范。
所谓“秦琼倒掉李世民赐药”，正史野史均无记载，连隋唐英雄系列小说中也没有描述，事实上李建成和李世民都对秦琼既不拉拢也不陷害：李渊给秦琼的官爵勋位已经到达顶点，赏赐的金银财帛，秦家十辈子都花不完，太子和秦王拿不出什么能让秦琼动心的东西，而且二王都知道，秦琼不会对自己痛下杀手，还不如就当做金字招牌供着——如果玄武门之变李建成赢了，史书就可能记载“秦琼从诛秦戾王世民”了。
《隋史遗文》虽然也不是正史，但是该书对玄武门之变的描述，却完全与史书相符，就连房玄龄杜如晦一开始的消极态度，也写得明明白白。
即使不看《隋史遗文》而仅看两唐书，我们也会发现秦琼应该对李世民有点意见，对李建成有点感激：秦琼最早的战友、最好的兄弟罗士信，就是因李世民指挥失误而被刘黑闼杀害的，李建成在魏征的谋划下干掉了刘黑闼，也算是替秦琼报仇了。
有人说罗士信也是罗成的历史原型，这就很有意思了：把小说中建成元吉坑死罗成的故事写进史书也可以，只不过需要把建成元吉的名字换成秦王世民就行了。
《隋史遗文》和两唐书《忠义传》的描述和记载了罗士信之死的前因后果，读者诸君对此事当然也会有不同见解，所以咱们可以因此进行推理：以秦琼的身份地位和性格品质，会鼓动李世民与建成元吉大动干戈吗？如果秦琼不选择中立而是加入一方，他会选择太子建成还是秦王世民？如果秦琼看见李渊在尉迟敬德那滴血的长槊下发抖，他又会作何反应？
