1937年7月17日，经国共双方代表在庐山会谈，国民党宣布承认陕甘宁边区。9月6目，中华苏维埃共和国中央政府正式宣告撤销，西北办事处改制更名为陕甘宁边区政府。10月12日，国民政府行政院第333次会议通过决议，确认陕甘宁边区为行政院直辖区，并划定原属陕西、甘肃、宁夏3省的23县为边区政府行政区域，首府延安。1939年至1940年春，国民党军侵占淳化、栒邑、正宁、宁县、镇原等5县县城和边区边境的16个区、48个乡，边区辖地略有缩小。
陕甘宁边区最高政权机关为边区议会（1938年11月改称参议会）。边区政府边区议会（参议会）闭会期间的最高行政机关，在国民政府领导与边区议会（参议会）监督下，综理边区政务。边区采行边区政府、县（市）政府、乡政府三级建制。并得划定所属两个以上的县份为一行政分区，设置行政督察专员公署（简称“专署”），作为边区政府的派出机构，督察及指导该分区各县行政事宜。
边区政府组织一（1937.9-1939.2）
1937年9月6日，西北办事处改制更名陕甘宁边区政府，并由边区议会选举组成执行委员会及主席团、下设秘书处、民政厅、财政厅、教育厅、建设厅、农工厅、保安司令部、保安处、审计处及其它直属机关。边区最高司法机关为边区高等法院，受边区议会（参议会）监督，国民政府最高法院和边区政府领导，独立行使司法职权，设院长1人，由议会（参议会）选举产生。
政府委员会暨直辖机关
主席 林伯渠
副主席 张国焘（1938.4.17.脱党;4.29.撤委员兼副主席代理主席职）；高自立（1938.4.29.代理主席，1939.1.6.任副主席）
秘书处秘书长 伍修权；曹力如（后）
民政厅厅长 邓振询（1937.12.免）；马明方（后）；高自立（后）
财政厅厅长 曹菊如；张慕尧（1939.1.6.代）
教育厅厅长 徐特立；陈正人（后）；周扬（1939.1.6.任）
建设厅厅长 刘景范
农工厅厅长 邓振询（兼,1937.12.免）
保安司令部司令员 高岗（兼）；副司令员 周兴，王世泰（1939.1.6.任）
保安处处长 周兴（兼）
审计处审计长 曹力如（兼）
边区高等法院院长 雷经天
直属机关
《新中华报》社，边区政府机关报。
边区银行，1937年10月1日成立。
边区合作总社，1938年3月7日并入边区银行所属光华商店。
边区贸易局，1938年4月1日并入边区银行所属光华商店。
边区军事工业局，1938年3月10日成立。
边区法制委员会，1938年10月26日成立。
边区通讯站，1938年5月30日成立。
边区粮食局
行政分区专署
延安市（直属市）市长 马南风（1937.10.13.任）；高朗亭（后）
关中分区专署专员 习仲勋
陕甘分区专署（1938年初改称庆环分区专署）专员 马文瑞
庆环分区专署专员 马文瑞；马锡五（后）
神府分区专署专员 张秀山
三边分区专署（1937年秋设，驻定边，不久改建定盐分区专署）专员 王子义
定盐分区专署专员 罗成德
边区政府组织二（1939.2-1941.11）
1939年1月17日至2月4日，陕甘宁边区第一届参议会在延安举行。大会通过《陕甘宁边区抗战时期施政纲领》和《陕甘宁边区各级参议会组织条例》、《陕甘宁边区政府组织条例》、《陕甘宁边区高等法院组织条例》等单行法规。2月3日选出本届边区参议会常务议员、议长、副议长、政府委员会委员、主席、副主席、高等法院院长。本届边区政府设置秘书处、民政厅、财政厅、教育厅、建设厅、保安司令部、保安处、审计处、少数民族事务委员会及其他直属机关。
政府委员会暨直属机关
委员 林伯渠；雷经天；周兴；王世泰；高自立；周扬；曹力如；刘景范；阎红彦；霍维德；马锡五；王兆祥；贺晋年；李子厚；乔钟灵；谢觉哉（以上1940.10.12.任）；南汉宸（后补任）
主席 林伯渠（兼）
副主席 高自立（兼）
秘书处秘书长 曹力如（兼）；谢觉哉（1940.10.12.兼）
民政厅厅长 高自立（兼）；刘景范（1940.10.12.兼）
财政厅厅长 张慕尧（代）；霍维德（1940.10.12.兼）；南汉宸（1941.8.8.兼）
教育厅厅长 周扬（兼）
建设厅厅长 刘景范（兼）；高自立（1940.10.12.兼）
保安司令部司令员 高岗（兼）；副司令员 周兴（兼），王世泰（兼）
保安处处长 周兴（兼）
审计处处长 曹力如（兼）
少数民族事务委员会（1941年8月11日设）主任委员 赵通儒
边区高等法院院长 雷经天（兼）
直属机关
《新中华报》社，1939年2月7日改为中共中央机关报。
边区通讯站
边区卫生处，1940年5月10日成立。
边区银行
边区粮食局
边区税务总局，1941年4月成立。
边区法制室
边区总务处
边区交际处
行政分区专署
延安市市长 高朗亭；高述先（1940.12.任）；高岗（1941.8.任）；李景林（1941.10.18.任）
关中分区专署专员 习仲勋
庆环分区专署（1940年4月20日分置陇东分区专署、环县分区专署）专员 马锡五
陇东分区专署（驻庆阳）专员 王维舟（兼）
环县分区专署（驻环县，1940年8月23日并入陇东分区专署）专员 马锡五
定盐分区专署（驻定边，不久又改为三边分区专署）专员 罗成德
三边分区专署专员 罗成德（兼）
绥德分区专署（1940年设）专员 王震（兼）
第一届边区参议会
常务议员 高岗；张邦英；毛齐华；崔田夫；陈伯达；周长安；路子亮；王观澜；高述先；谢觉哉
议长 高岗（兼）
副议长 谢觉哉（兼）；张邦英（1940.10.12.任）
秘书长 徐彬如
边区政府组织三（1941.11-1945.8）
1941年11月6日至21日，陕甘宁边区第二届参议会第一次会议在安召开。大会修正通过《陕甘宁边区各级参议会组织条例》等法规。11月7日，选出本届边区参议会常务议员、议长、副议长、边区政府委员会委员、主席、副主席及高等法院院长。1943年4月21日至22日，边区参议会常驻会第九次会议修正通过《陕甘宁边区政府组织暂行条例》。本边区政府设置秘书处（后改建办公厅）、民政厅、财政厅、教育厅、建设厅、保安司令部、保安处、审计处、少数民族事务委员会、法制委员会、文化工作委员会、审判委员会，及其他直属机关。
政府委员会暨直属机关
委员 林伯渠；李鼎铭；高自立；南汉宸；肖劲光；贺连城；刘景范；马明方；柳湜；霍子乐；那素滴勒盖（蒙1943.7.31.病逝）；毕光斗；肖筱梅；高步范；杨正甲；马生福（回）；高崇山白文焕（1944.8.12.病逝）；霍祝三（1944.2.递补）
主席 林伯渠
副主席 李鼎铭
民政厅厅长 刘景范（兼）
财政厅厅长 南汉宸（兼）
教育厅厅长 柳湜（兼）
建设厅厅长 高自立（兼）
保安司令部司令员兼政治委员 高岗；王世泰（1943.2.在任）
保安处处长 周兴
审计处
少数民族事务委员会主任 赵通儒
法制委员会（1941年12月25日由边区法制室扩大成立，1942年6月30日复改法制室归秘书处领导）主任 张曙时
文化工作委员会（1942年3月5日成立，1943年3月31日撒销，其工作并入西北局文委）主任 吴玉章
审判委员会（1942年6月25日成立，受理第三审案件，1944年2月撤销） 委员长 林伯渠（兼）
秘书处（1943年3月31日改建办公厅）秘书长 周文；高自立（1942.2.兼）；李维汉（1943.2.6.任）
办公厅（1943年4月1日成立。其目的在于密切边府内部工作联系，贯彻领导一元化，提高工作效能，逐渐做到合署办公）秘书长 李维汉；副秘书长 李景林
边区高等法院院长 雷经天；李木蓭（1942.6.在代）；马锡五（1944.3.在代）；王子宜（1945.7.在代）
延安大学（1944年4月22日边府政务会议决定，将延安大学与行政学院合并，仍名延安大学，直隶边府领导）校长 周扬；江隆基（后）
直属机关
边区通讯站
边区卫生处，1945年3月23日改名卫生署。
边区禁烟督察处，1942年1月7日成立。
边区保健委员会，1942年2月28日成立，1943年3月3日并入民政厅第二科。
边区防疫委员会，1942年4月22日成立，1943年3月31日并入边区卫生处。
边区数灾委员会，1942年8月3日成立。
边区抚恤委员会，1943年3月31日成立。
边区粮食局
边区税务局
边区银行
边区盐务局，1942年1月由总后勤部移交。
边区物资局，1943年1月7日成立，3月改隶西北局财经办事处。
边区农业局，1942年6月30日并入建设厅，改为一科。
边区林务局，1942年6月30日并入建设厅，改为第一科。
边区工业局，1942年6月30日并入建设厅，改为第二科。
边区交通运输局，1942年6月30日并入建设厅，改为第三科。
边局合作指导局，1942年6月30日并入建设厅，改为第四科。
边区贸易局
边区交际处，1943年3月31日改隶为办公厅。
边区总务处，1943年3月31日改隶办公厅。
行政分区专署
延安市（1942年11月3日成立延属分区专署）市长 李景林
延属分区专署专员 曹力如
延安市市长 李景林（1943.2.6.免）；马豫章（1943.2.6.兼）
绥德分区专署专员 王震（兼）
关中分区专署专员 习仲勋（兼）；张仲良（1942.4.在兼）
三边分区专署 专员 罗成德（兼）；王子宜（1942.9.免）
陇东分区专署专员 王维舟（兼）；马锡五（1943.2.在兼）
第二届边区参议会
常务议员 李丹生（1945.7.3.病逝）；乔松山；任绍亭；王锡成；刘培基；崔田夫；高岗；安文钦；谢觉哉
议长 高岗
副议长 谢觉哉
