1966年10月的一次大会上，何长工遭到康生带头的严厉指责，说他地质部有人写信给《红旗》杂志，追查支持地质学院一个组织的人。康生说这背后是何长工在指使，目标就是反对自己所在的小组。
除康生外，“副帅”也做重要讲话，调子起的特别高，放出“我们不向他进攻，他就要向我们进攻”的狠话。“副帅”讲这话的时候，很多人都看向何长工，露出不解的神色。
当时韩先楚就坐在何长工旁边，听到“副帅”这番言论后，用手轻轻碰了碰他，疑惑地小声问道：“怎么搞的，怎么这么严重？”何长工心里跟明镜似的，知道自己为什么被这样针对，但他不能跟韩先楚说，省得连累他。
当时“副帅”如日中天，老帅们统统靠边站，越来越少人把他们当“帅”看了，似乎只剩下“统帅”和“副帅”。何长工跟“副帅”在井冈山上就认识，而他们分歧的种子也是在这时候埋下的。
当时何长工是28团1营党代表，“副帅”是28团1营营长。有一次执行作战任务，“副帅”上得不够果决，临阵退却。何长工对他提出尖锐批评，并要对其进行严厉处分。何长工对“副帅”的底细十分清楚，他认为“副帅”如此讲话，就是因为自己知道他的丑闻，想通过打倒自己，清除一个知道他历史的见证人。
1928年，井冈山根据地遭遇“八月失利”后，已是28团团长的“副帅”，信心不足，经常跟人发牢骚：“天天吃南瓜，什么时候能打得下天下。”他还发出“红旗到底能打多久”的疑问。毛主席出于爱才，没有过多理会，但也是对何长工说过一句：“他的说法是小孩之见。”那时候“副帅”21岁。
在土地革命战争时期的很长一段时间，何长工跟“副帅”的职级是并驾齐驱的，同是红一方面军赫赫有名的主要将领。可是在1935年的一天，何长工因看错了人，人生遭遇滑铁卢，开始不再指挥部队，主要在后方，从事教育、后勤、建设等方面的工作。
对此，何长工没有怨天尤人、消极对待，他在那些岗位上还是好好工作，为革命胜利贡献一份自己的力量。
新中国成立后，何长工当年的很多部下、同僚，成为被授衔的将帅、中央的部长和地方的省长，而他却只是地质部的副部长。从他的革命资历来看，这个职务是偏低的。不过他不在乎，依旧带着饱满的热情，投入到新中国的矿产工作中。
何长工率领的地质部，先后创立十多个探矿机械厂，还在成都建立起一所专业性极强的成都地质学院。
被“副帅”点名后，何长工被变相停职，没有工作可做了。接下来是抄家批斗，遭遇种种不幸，他对广大群众和干部却还心怀理解，认为他们是好的，只是有少部分人趁这个机会发泄不满、打击报复。
例如有个66年前犯错误的干部的儿子，冲上台一拳把他干倒在地。这样的事情，在那十年发生过不少。
有次在地质学院，几十名学生冲过来想动武，有十多名工人连忙团团围住何长工，用身体组成一道坚墙，不让他受毒打。
1971年10月下旬，何长工的境遇迎来巨大转机，他能回北京治病了。1973年4月下旬，毛主席的“声音”传来：何长工的历史我是了解的，中央也是了解的，他没有历史问题。
可即便如此，没有历史问题的何长工，还是遇到了现实问题，迟迟不能工作。直到1975年，他被分配到军政大学担任副校长，一切都在慢慢变好了。
可令人感到莫大遗憾的是，何长工于1987年12月29日逝世，享年87岁。
